"400")samples#获取单细胞数据sceList=lapply(samples,function(pro){print(pro)sce=CreateSeuratObject(Read10X(file.path(dir,pro)),project=pro,min.cells=5,min.features=200)return(sce)})#会自动读取output文件夹下所有的文件,同时进行数据过滤,#一个基因最少细胞表达数为5,一个细胞最...
T细胞受体(TCR)和B细胞受体(BCR)具有抗原识别能力的可变区域(基因重排和碱基变异)分布在mRNA的5'端,只能通过5'转录组富集获取。所以通过5'转录组建库可以同时获得单细胞转录组和免疫组库的测序数据,是一种高性价比的多组学研究手段。 但需要注意的是,核悬液测序中测序的是mRNA前体而非成熟mRNA,其5'端修饰很多,...
自此,单细胞转录组文库构建完成,接着就该进行illumina测序。 NGS | illumina测序原理简述 参考文章: https://www.10xgenomics.com/cn/support/single-cell-gene-expression/documentation/steps/library-prep/chromium-single-cell-3-reagent-kits-user-guide-v-3-1-chemistry-dual-index https://www.10xgenomics.com...
单细胞转录组测序(Single-cell RNA-sequencing, scRNA-seq) 是在单个细胞水平对mRNA 进行高通量测序的一项新技术,其原理是将多细胞生物分离的单个细胞中微量的转录组mRNA 通过高效扩增后再进行高通量测序。单细胞转录组测序能够有效解决组织样本无法破解的细胞异质性难题以及常规RNA-seq 被掩盖的细胞群内的转录组异质性...
首先,通过比对参考基因组去除条形码,确定每个细胞的转录本。然后,进行转录本定量,识别细胞类型,分析基因表达差异,挖掘细胞状态和功能的异质性。此外,还可以进行细胞聚类、细胞轨迹推断等高级分析。 总的来说,10xGenomics单细胞转录组测序流程涵盖了从细胞准备到数据分析的全过程,它为我们提供了对复杂细胞群体的精细洞察,...
10x Genomics单细胞转录组测序(single cell RNA-seq, scRNA-seq),是在单个细胞水平对 mRNA 进行高通量测序的一项新技术,其能够以高通量和单分子分辨率研究单个细胞表达谱,揭示复杂细胞群体的异质性,避免单个细胞的基因表达信号被群体的平均化所掩盖。 10x Genomics系统具有高通量、周期短、适用范围广等优势,一个样品...
本文概述了执行10x Genomics单细胞RNA测序的实验流程。 实验流程: 样本准备: 使用适当的方法(如FACS或显微切割)从生物样本中分离目标细胞。 通过进行活/死细胞染色并在显微镜下检查,确保细胞活力和质量。 Chromium单细胞3'文库制备试剂盒: 根据制造商的说明准备Chromium单细胞3'试剂盒。 将细胞和试剂加载到Chromium ...
目前,针对FFPE样本,10x Genomics已有单细胞转录组和空间转录组解决方案,了解这些前沿技术,助力您全方位解锁FFPE样本中蕴含的宝贵信息。 图1. FFPE样本可用的前沿技术 一FFPE样本单细胞转录组测序 1.1 实验原理 针对FFPE切片,使用二甲苯脱蜡;使用胶原酶、胰蛋白酶等多种酶来消化组织,制备单细胞悬浮液,进而抽核得到细胞...
首先,细胞和酶会结合凝胶珠然后包裹在油滴中,完成反转录并连接barcode来标记每一个单细胞。 每一个凝胶珠子上带有细胞Barcode,UMI和专门为VDJ测序设计的switch oligo。 PolyT会跟mRNA的ployA尾巴结合,并以mRNA为模板反转成cDNA,之后会在3'端加上3个C,这3个C刚好可以跟switch oligo末尾的3个G相结合。然后合成一...
10X基因组单细胞测序流程 步骤详细解析 1. 单细胞分离 步骤描述: 使用10X Genomics的技术,将细胞从组织中分离并制备成单个细胞的溶液。 代码示例: 不涉及代码实现,主要依赖于实验室的实际操作和设备。 2. 文库制备 步骤描述: 使用10X Genomics的文库制备试剂盒进行文库构建。