10x Genomics利用液滴法的原理,通过微流控、油滴包裹和Barcode标记等技术,实现大规模的单细胞分离、标记,主要流程包括以下步骤: Step0、Prepare your sample(样品制备):酶解样品,制备单细胞悬液 Step1、GEM generation(生成油包水结构体系) Step2、Construct your 10x library(文库构建):构建用于测序的cDNA文库 Step3...
「10x 单细胞转录组测序」 单细胞转录组测序是在单个细胞水平进行高通量转录组测序的一项新技术,能够有效解决细胞异质性以及bulk RNA-seq被掩盖的细胞群内转录组异质性难题,有助于发现新的稀有细胞类型,深入了解细胞生长过程中的表达调控机制。 10x Genomics Chromium系统利用微流控、油包水的微反应体系,通过序列标签...
在单细胞转录组数据分析之前,需要做很多准备工作:1)分析环境的搭建以及各个分析软件的安装;2)参考基因组的选择;3)准备待分析的数据;4)搭建分析流程。与常规的RNA-Seq一样,10x单细胞RNA-Seq也需要测序数据比对到参考基因组进行基因的定量。那么参考基因组的质量就对单细胞的分析结果有着重大的影响。本文主要为大家...
10x Genomics单细胞转录组测序(single cell RNA-seq, scRNA-seq),是在单个细胞水平对 mRNA 进行高通量测序的一项新技术,其能够以高通量和单分子分辨率研究单个细胞表达谱,揭示复杂细胞群体的异质性,避免单个细胞的基因表达信号被群体的平均化所掩盖。 10x Genomics系统具有高通量、周期短、适用范围广等优势,一个样品...
#设置工作路径setwd('E:/project/test/')dir='E:/project/test/cellranger'#设置样本名samples=c("100","400")samples#获取单细胞数据sceList=lapply(samples,function(pro){print(pro)sce=CreateSeuratObject(Read10X(file.path(dir,pro)),project=pro,min.cells=5,min.features=200)return(sce)})#会自动...
方法：10x Genomics高通量单细胞转录组测序 研究目的 子宫内膜是播种生命的“土壤”。然而，子宫内膜损伤和宫腔粘连会让这片“土壤”变得贫瘠，从而导致不孕症。宫腔粘连（Intrauterine Adhesions，IUA）又称Asheman综合征，是由于各种原因导致的子宫内膜损伤，引起宫腔纤维化粘连，使宫腔部分或全部闭塞。目前，IUA治疗的...
方法：10x Genomics高通量单细胞转录组测序（由欧易生物提供技术支持）研究背景 本研究首次通过scRNA-seq分析了免疫细胞和基质细胞在宫颈癌进展过程中转录状态的变化，包括正常组织、HSIL、肿瘤和淋巴结转移灶。本研究将有助于更深入地了解宫颈癌进展过程中TME的细胞特征，并有助于开发抑制宫颈癌的起始和进展的新治疗方法...
结果显示，这两种技术在单细胞转录组学中的总体性能非常相似，这表明不同的测序仪对单细胞转录组结果的影响微乎其微。这一发现为单细胞转录组学的研究者提供了新的视角和启示。：研究揭示，Illumina的合成测序技术与MGI的DNA纳米球测序技术在单细胞转录组学中的总体性能呈现出高度的相似性。进一步的分析显示，在序列...
基于10x Genomics最新Chromium系统,利用油包水的微反应体系,通过序列标签区别群体中的不同细胞和转录本,获得大量单细胞的快速高效标记、测序和分析,获得单细胞水平的基因表达谱和差异情况,并通过对复杂细胞群体进行深入细致分析,绘制大规模单细胞表达图谱,可实现数千甚至数万个单细胞群体分析,解决常规scRNA-seq方...
单细胞转录组技术已经火爆了五年多了, 从早期的两三万一个10x技术的单细胞转录组样品费用到现在的万元以内即可。 而且现在有了多个国产单细胞技术平台可以选择,比如新格元,寻因等公司,它们有自己的技术平台和数据处理软件: nf-celescope — 新格元新流程