利用Seurat、Scanpy等工具进行差异表达分析,找出不同细胞群体的特征基因。📈 🌈📚【细胞聚类】 根据基因表达模式对细胞进行聚类,揭示细胞群体的异质性。🌈 📊📝【数据预处理】 测序完成后,数据预处理是第一步。包括质量控制、细胞筛选和表达矩阵构建等,为后续分析打下基础。📊 📚📝【功能注释】 对聚类...
单细胞转录组测序的一般流程包括细胞质控、批次评估/校正、降维聚类、分群注释、差异表达、富集分析、拟时分析、细胞间相互作用分析和其它深度分析。其中,细胞质控是为了剔除低质量的细胞;批次评估/校正是为了去除批次效应对数据的扭曲;降维聚类是为了将数据转变为低维可视化结果;分群注释是为了对细胞类型进行鉴定以找出特异...
该技术的测序流程主要包括以下几个步骤: 1.单细胞分离:将单个细胞从组织或培养中分离出来,并进行细胞计数和筛选。 2. RNA提取:使用RNA提取试剂盒或磁珠,从单个细胞中提取RNA。 3. RNA扩增:对RNA进行扩增,以避免测序时RNA的浓度不足。 4.建库:将扩增的RNA片段通过建库操作制备成为测序文库。 5.测序:使用高通量...
单细胞转录组测序的流程主要包括以下几个步骤: 1.单细胞分离:将单个细胞从组织中分离出来。目前常用的方法包括机械分离法、流式细胞术、微流控系统等。 2.单细胞裂解:将单个细胞裂解,并提取RNA。目前常用的方法包括体外裂解和体内裂解。 3.RNA扩增:将单个细胞中的RNA扩增,以获得足够的RNA量进行测序。目前常用的方...
#设置工作路径setwd('E:/project/test/')dir='E:/project/test/cellranger'#设置样本名samples=c("100","400")samples#获取单细胞数据sceList=lapply(samples,function(pro){print(pro)sce=CreateSeuratObject(Read10X(file.path(dir,pro)),project=pro,min.cells=5,min.features=200)return(sce)})#会自动...
视频是之前刚学单细胞录的第一个视频,整理了个PPT讲得不是很流畅但是讲得很细(每一行代码包括参数做啥用都讲了),适合单细胞初学者观看视频中代码有点乱,现在是强烈推荐用最新整理好的单细胞合集1.1的代码(附视频):BV1QQ4y1t7gf, 视频播放量 23910、弹幕量 32、点赞
基于这两大核心原理,再进行进一步的测序与分析,我们就能够获得针对同一细胞的表观组与转录组信息,对单细胞染色质构象的变化、单细胞的选择表达性进行深层次的探究。 图2 Tn5转座酶捕获“开放”的DNA片段 图3 scATAC-seq + scRNA-seq的基本实验流程 该技术的基本实验流程包括:单细胞悬液制备,转座酶切割,细胞加...
以下是单细胞转录组测序技术的全流程解析: 样本准备:从组织或液体中提取单个细胞,并将其分离成单细胞悬液。可以使用各种方法进行细胞分离,例如流式细胞术、微量离心等。 RNA提取:从每个单细胞中提取总RNA,并进行质量检测和浓度测定。可以使用商业化的RNA提取试剂盒或自制的方法进行RNA提取。 cDNA合成:将提取的RNA逆...
10x单细胞转录组测序实验流程 1.提取单细胞RNA并转录测序需要先对细胞进行分离和捕获。 Extraction of single-cell RNA and transcription sequencing requires separation and capture of cells. 2.分离捕获的单细胞需要经过裂解和提取RNA。 The separated and captured single cells need to undergo lysis and RNA ...
单细胞测序数据分析/多样本单细胞SeuratV5标准流程分析全代码/单细胞转录组最新教程/单细胞数据一键分析/单细胞Harmony整合去批次/单细胞实战/入门共计20条视频,包括:单细胞SeuratV5标准流程全代码、单细胞数据下载和读取、单细胞txt&csv&h5格式多样本批量读取整合分析等