10x Genomics单细胞转录组测序通过微流控分选单个细胞,然后通过带有barcode和引物的磁珠与细胞结合,被油滴包裹形成油包水结构,实现了对大量细胞的快速高效标记、测序和分析,获得单细胞水平转录表达信息,并依据特征基因的表达对不同细胞群进行鉴定和注释,实现样本、细胞群之间的差异分析、细胞演化过程以及细胞与细胞间的
Read 1 测序引物:测序的“钥匙”,测序引物结合位点。 10x Barcode(16 nt):唯一标识单个细胞,共有约 350万种 不同组合,确保“一细胞一编码”。 UMI(12 nt):随机序列,为每个RNA分子打上“分子身份证”,避免PCR扩增带来的重复计数误差。 poly(dT)反转录引物(30 nt):像“磁铁”一样吸附mRNA的poly-A尾,捕获...
10x genomics单囊泡转录组测序 图a:单囊泡的捕获以及测序,分析路线 这里有个实验技术重点:单个囊泡的捕获和测序。 单个囊泡的大小在100nm-1000nm级别,这个大小是比常规的单个细胞要小非常多的,打个比方:一个细胞体积约等于10^6个外泌体 思考:那10x genomics技术在这里形成油包水结构的时候,双包体/多胞体会出...
Step0、Prepare your sample(样品制备):酶解样品,制备单细胞悬液 Step1、GEM generation(生成油包水结构体系) Step2、Construct your 10x library(文库构建):构建用于测序的cDNA文库 Step3、Sequencing(测序):illumina测序 Step4、Analyze your data(数据分析):10x提供下机数据的分析软件Cell Ranger,可以提供质控报告和...
#设置工作路径setwd('E:/project/test/')dir='E:/project/test/cellranger'#设置样本名samples=c("100","400")samples#获取单细胞数据sceList=lapply(samples,function(pro){print(pro)sce=CreateSeuratObject(Read10X(file.path(dir,pro)),project=pro,min.cells=5,min.features=200)return(sce)})#会自动...
10x Genomics单细胞转录组测序(single cell RNA-seq, scRNA-seq),是在单个细胞水平对 mRNA 进行高通量测序的一项新技术,其能够以高通量和单分子分辨率研究单个细胞表达谱,揭示复杂细胞群体的异质性,避免单个细胞的基因表达信号被群体的平均化所掩盖。 10x Genomics系统具有高通量、周期短、适用范围广等优势,一个样品...
10x Genomics 方案 基于10x Genomics ChromiumTM的单细胞转录组测序 高通量、短周期、低成本 近年来,已有多种单细胞测序技术及平台应用而生, 10x Genomics凭借其高细胞通量、极短项目周期及极低成本脱颖而出。 技术参数 测序策略 Illumina HiSeq PE150
项目名称:10x Genomics单细胞转录组测序技术服务 项目负责人:赵宇 项目负责人所在单位:四川大学华西医院耳鼻咽喉-头颈外科 二、外协信息 外协单位:杭州联川生物技术股份有限公司 外协经费:1.2万元 任务内容:组织样品的10x Genomics单细胞转录组细胞标记和文库构建、测序 ...
10x的单细胞转录组fastq文件的R1和R2不能弄混哦 差不多几个小时就可以完成全部的样品的cellranger的定量流程。但是很多时候,大家是 从公共数据库下载的10x技术单细胞转录组测序数据,而不是自己的测序仪产出的数据,就容易出现 比如:https://kb.10xgenomics.com/hc/en-us/articles/115003802691-How-do-I-prepare-Se...
10x 单细胞3’转录组测序是指依托于10x Genomics公司单细胞分选平台(Chromium controller或X系列)在单细胞水平上对mRNA进行高通量测序和分析。因同一组织的细胞之间具有异质性, 同一种细胞类型在表达上也存在异质性 , 加之传统的转录组测序的样本是由多细胞组成的,最后分析得出的结论只是基于所有细胞的平均水平, 无法...