对于微量RNA链特异性转录组文库构建，通常使用SMART技术，通过随机或oligodT引物（带一段接头序列），合成cDNA第一链，并在3'端加上三个C，进一步使用TSO( template-switching oligo )引物通过链置换添加另一端接头序列，保留了RNA的链来源信息。各种链特异性文库测序结果对比 研究者使用酿酒酵母转录组作为基准，比较...
图1-1 链特异性建库与非特异性建库示意图 (Zhao et al., BMC Genomics,2015) 在RNA-Seq建库的时候,第一步都是进行RNA到cDNA的反转录,在反转录以后,普通的RNA-Seq就直接使用random primer进行第2条链合成,随后加adapter。这样构建出来的RNA-Seq库进行测序以后是分不清这个序列是来自于genome的那条链的,因为被...
链特异性总RNA-Seq是RNA-Seq中的重要应用,通过链特异性测序可以区分重叠基因边界,进行全面基因注释和定量长非编码RNAs。传统的总RNA-Seq文库制备方案通常需要100 ng-1 ug较高的RNA起始量,并且在cDNA合成和文库制备之前需要从总RNA中去除rRNA。对于挑战性样品,如激光显微切割样品RNA,很难获得10 ng起始样品,并且rRNA...
第二个reads是正向匹配 forward 所以链特异性的文库类型是 rf
1.首先把RNA逆转录成 cDNA, 图中的RT指的是reverse transcript 即反转录酶 2.制备完的文库,是双链cDNA, 在cDNA的两端,会加上两个对称的Y型接头,这种情况下,测得结果,我们无法确定是来自正链还是反链。 中间的图 中间这幅图多展示的是用dUTP做链特异性文库: ...
SMARTer Stranded RNA-Seq Kit用于构建illumina平台链特异性转录组文库,链特异性的转录组比率>99%.这款试剂盒的建库起始量为100pg到100ng的RNA。SMARTer Stranded RNA-Seq Kit采用的是随机引物的方法进行反转录,这种方法既可以使用ploy A RNA进行建库,也可以采用rRNA-removed total RNA 进行建库。
第二个read 的序列信息就是 ATGATC 所以将这两个reads比对到参考基因组 第一个read是反向匹配 reverse 第二个reads是正向匹配 forward 所以链特异性的文库类型是 rf 各个软件的参数设置 可以参考 https://rnabio.org/module-09-appendix/0009/12/01/StrandSettings/...
总的来说,这些数据显示了SMART-Seq试剂盒可以实现与SSv4试剂盒相当的灵敏度和重现性。 (以上数据均来源于Takara Bio Inc.) SMART-Seq Stranded Kit为单细胞转录组分析提供了一个不同寻常的解决方案!所以如果您的样本是单细胞或非常微量的total RNA样本,希望能分析编码和非编码RNA,希望能提供链特异性等,都可以选择...
确定RNA-seq链特异性 查看原文 敏感性与特异性、查准率和查全率 敏感性与特异性一级目录 一级目录 感性和特异性虽然与查准率和查全率相似,但并不相同。其定义如下:在癌症示例中,敏感性和特异性指: 敏感性:在患有癌症的所有人中,诊断正确的人有多少?特异性:在未患癌症的所有人中,诊断正确的人有多少? 查准率和...
SMARTer Stranded RNA-Seq Kit用于构建illumina平台链特异性转录组文库,链特异性的转录组比率>99%.这款试剂盒的建库起始量为100pg到100ng的RNA。SMARTer Stranded RNA-Seq Kit采用的是随机引物的方法进行反转录,这种方法既可以使用ploy A RNA进行建库,也可以采用rRNA-removed total RNA 进行建库。