1. 测序方法 两种建库方法对应两种测序方法: 非链特异性测序方法(non-stranded RNA-seq protocol):得到的reads没有方向性,无法判断reads是属于Gene A还是属于Gene B (Antisense RNA)的。 链特异性测序方法(stranded RNA-seq protocol):得到的reads具有方向,可以根据reads方向判断reads是属于Gene A还是属于Gene B。
链特异性转录组测序(strand-specific RNA-seq)是指在构建测序文库时,将转录本的方向信息保存到测序文库中,测序后的数据分析可确定转录本是来源于基因组的正链或负链。与普通转录组测序相比,它更能准确地统计转录本的数量和确定基因的结构,同时可以发现更多的反义转录本,而这些反义转录本对基因的表达调控可能起非常...
对于微量RNA链特异性转录组文库构建，通常使用SMART技术，通过随机或oligodT引物（带一段接头序列），合成cDNA第一链，并在3'端加上三个C，进一步使用TSO( template-switching oligo )引物通过链置换添加另一端接头序列，保留了RNA的链来源信息。各种链特异性文库测序结果对比 研究者使用酿酒酵母转录组作为基准，比较...
因此,Small RNA样本通常采用RNA ligation的方法在RNA的3’和5’端分别连接接头来构建链特异性文库。 02 对于mRNA/LncRNA/CircRNA等通常大于200 nt,可以使用随机或Oligo dT引物合成cDNA第一链。在合成cDNA第二条链的时候加入dUTP,dUTP的链可以被酶消化或扩增的时候用不识别dUTP的聚合酶。 03 对于一些难扩培的细胞或...
RNA-seq方法源于早期的表达序列标签 (expressed-sequence tag)和表达芯片技术,最初用于分析多聚腺苷酸化的转录本。但是,二代测序的应用发现了这些方法的局限性,虽然在表达芯片中并不明显。因此,在RNA-seq技术首次发表后不久,许多文库制备方法的改进相继推出。例如,片段化RNA而非cDNA可以降低3'/5'偏好,链特异性文库...
链特异性总RNA-Seq是RNA-Seq中的重要应用,通过链特异性测序可以区分重叠基因边界,进行全面基因注释和定量长非编码RNAs。传统的总RNA-Seq文库制备方案通常需要100 ng-1 ug较高的RNA起始量,并且在cDNA合成和文库制备之前需要从总RNA中去除rRNA。对于挑战性样品,如激光显微切割样品RNA,很难获得10 ng起始样品,并且rRNA...
关于RNAseq链特异性文库的一些细节问题 建库方式是 dUTP - second strand 以下是我的理解,不一定对,欢迎大家留言讨论 基因组测序结果存储在fasta文件里,方向是从左到右 是 5'到3’ image.png 也就是上面那条序列,默认为是正义链 那如果基因在正义链上 如果序列是 ATGATCACT...
RNA-seq 一、真核物种普通转录组测序 普通转录组测序 二、链特异性转录组测序 1、链特异性 DNA双链反向互补,参考基因组是正链,与之反向互补的是反链。 正义链 sense strand:携带有编码蛋白质氨基酸信息的链编码链 反义链 antisense strand:作为转录模板的链,与RNA反向互补模板链 ...
中间这幅图多展示的是用dUTP做链特异性文库: 1.使用随机引物合成RNA对应的一条cDNA链 2.接着合成cDNA的第二条链,此时采用 dUTP取代dTTP。 3.之后在两端加上接头。 4.再用USER酶处理,将含有U的cDNA链去除,此时,文库中存在的只有一条反链。 5.剩下反链两端的接头是不一样的。