测序方法分为非链特异性测序(Strand specific seqiencing)方法和链特异性测序方法两种(nonspecific sequenci...
非链特异性 默认,不需要设置 链特异性 参数为:—SS_lib_type ,如果使用dUTP,值为 RF 1.2 cufflinks 非链特异性 —library-type fr-unstranded, 默认 链特异性 如果使用dUTP:—library-type fr-firststrand 2. 将 reads 比对到基因组的软件 2.1 tophat 非链特异性 —library-type fr-unstranded, 默认 链...
利用FACS分离出A375细胞,分别以1-1,000个细胞起始,使用SMART-Seq Stranded Kit制备测序文库。由上述数据表明,该SMART-Seq试剂盒具有1-1,000个细胞的稳定建库性能。 SMART-Seq可以实现与SMART-Seq v4相当的灵敏度和再现性! 通过FACS分离的K562单细胞,使用SMART-Seq试剂盒与单细胞RNA-seq试剂盒SMART-Seq v4 Ultra(...
对于微量RNA链特异性转录组文库构建，通常使用SMART技术，通过随机或oligodT引物（带一段接头序列），合成cDNA第一链，并在3'端加上三个C，进一步使用TSO( template-switching oligo )引物通过链置换添加另一端接头序列，保留了RNA的链来源信息。各种链特异性文库测序结果对比 研究者使用酿酒酵母转录组作为基准，比较...
RNA-seq 一、真核物种普通转录组测序 普通转录组测序 二、链特异性转录组测序 1、链特异性 DNA双链反向互补,参考基因组是正链,与之反向互补的是反链。 正义链 sense strand:携带有编码蛋白质氨基酸信息的链编码链 反义链 antisense strand:作为转录模板的链,与RNA反向互补模板链 ...
关于RNAseq链特异性文库的一些细节问题 建库方式是 dUTP - second strand 以下是我的理解,不一定对,欢迎大家留言讨论 基因组测序结果存储在fasta文件里,方向是从左到右 是 5'到3’ image.png 也就是上面那条序列,默认为是正义链 那如果基因在正义链上 如果序列是 ATGATCACT...
由于该方法可以获得全长转录本,因此与二代短序列测序技术的 RNA-seq 对比,侧重于转录本结构的分析,能够准确识别转录本同源异构体(isoform)、可变剪切、可变 polyA、融合基因、等位基因等,因此在转录本结构分析方面具有无可比拟的优势。 4.5 链特异性转录组
链特异性总RNA-Seq是RNA-Seq中的重要应用,通过链特异性测序可以区分重叠基因边界,进行全面基因注释和定量长非编码RNAs。传统的总RNA-Seq文库制备方案通常需要100 ng-1 ug较高的RNA起始量,并且在cDNA合成和文库制备之前需要从总RNA中去除rRNA。对于挑战性样品,如激光显微切割样品RNA,很难获得10 ng起始样品,并且rRNA...
建库方式是 dUTP - second strand 以下是我的理解,不一定对,欢迎大家留言讨论 基因组测序结果存储在fasta文件里,方向是从左到右 是 5'到3’ 也就是...