在RNA-Seq建库的时候,第一步都是进行RNA到cDNA的反转录,在反转录以后,普通的RNA-Seq就直接使用random primer进行第2条链合成,随后加adapter。这样构建出来的RNA-Seq库进行测序以后是分不清这个序列是来自于genome的那条链的,因为被测序的有可能是gene的foward strand 也有可能是reverse strand。 而链特异性的RNA-S...
通过权衡每种方法的性能和简易性，研究者认为dUTP二链标记方法最好，在单端和双端测序数据中Unique比例，5’和3‘端的转录本分布比例以及样本间重复性方面均比其它方法表现优异。ABclonal 的RNA-seq链特异性文库构建试剂盒也是采用dUTP二链标记方法，确定转录本来源于正义链或反义链，更准确定量基因表达和可变剪切事件...
两种建库方法对应两种测序方法: 非链特异性测序方法(non-stranded RNA-seq protocol):得到的reads没有方向性,无法判断reads是属于Gene A还是属于Gene B (Antisense RNA)的。 链特异性测序方法(stranded RNA-seq protocol):得到的reads具有方向,可以根据reads方向判断reads是属于Gene A还是属于Gene B。 非链特异性测序...
通过权衡每种方法的性能和简易性,研究者认为dUTP二链标记方法最好,在单端和双端测序数据中Unique比例,5’和3‘端的转录本分布比例以及样本间重复性方面均比其它方法表现优异。 ABclonal 的RNA-seq链特异性文库构建试剂盒也是采用dUTP二链标记方法,确定转录本来源于正义链或反义链,更准确定量基因表达和可变剪切事件,...
链特异性总RNA-Seq是RNA-Seq中的重要应用,通过链特异性测序可以区分重叠基因边界,进行全面基因注释和定量长非编码RNAs。传统的总RNA-Seq文库制备方案通常需要100 ng-1 ug较高的RNA起始量,并且在cDNA合成和文库制备之前需要从总RNA中去除rRNA。对于挑战性样品,如激光显微切割样品RNA,很难获得10 ng起始样品,并且rRNA...
那么转录出来的RNA序列是 AUGAUCACU 因为是以基因所在链的互补链为模板进行转录 image.png 然后用这个mRNA序列去制作cDNA image.png 然后用这个cDNA第一链 加dUTP去制作第二链 用双链的cDNA去制作文库 然后再把带u碱基的第二链降解 用第一个链去测序 ...
现在二代测序主要有PE和SE两种策略,PE主要用于RNA-seq,SE主要用于小RNA测序(短片段文库测序)。 PE测序,我们可以得到read1和read2;SE测序,我们只有read1。 链特异性测序的目的就是保证绝大多数的read1都和基因方向相同(或相反)。 2、read1\read2怎么来的 ...
本次主要来理解一下什么是链特异性文库,为什么要构建这种文库。 首先要明确几个概念,对理解后面的讲解很有帮助: 基本概念 正链(forward strand): 我们可以理解为拿到基因组,从左向右读过去,这条链就是正链。 反链(reverse strand) : 反链就是与正链互补的链,因为DNA是双螺旋结果,有正链,就会有反链。
QIAseq链式RNA文库试剂盒提供了一种从总RNA或mRNA富集样品中生成Illumina兼容RNA-seq文库的出色方法。对于基因表达,融合基因或突变检测等应用,QIAseq链式mRNA选择试剂盒提供了优化的mRNA富集方案,其中包含构建高质量RNA-seq文库所需的所有试剂和组件。QIAseq链式RNA文库试剂盒使用*的方案,不需要放线菌素D保留链特异性或dUT...
RNA-Seq 文库制备的技巧建议 Collibri Stranded RNA Library Prep kit 的研发科学家分享了他们的建库技巧,以保留完整转录组信息。 推荐对照 建议在建库之前将Invitrogen ERCC RNA Spike-In Control Mix(Collibri 试剂盒...