表达定量软件根据比对的 sam 文件,计算 read counts,需要提供链特异性信息。 3.1 eXpress 非连特异性 默认,不需要设置 链特异性 如果使用dUTP:—rf-stranded 3.2 RSEM RSEM 使用 —forward-prob 参数设置 read1 正向比对到参考序列的比例。 非链特异性 —forward-prob 0.5 链特异性 如果使用dUTP: —forward-prob...
STAR 的比对中,不需要手动设置文库类型的参数,但是需要添加 --outSAMstrandField intronMotif,会在 SAM 文件中显示 XS 标记(感谢 @不正不经 补充)。 3.表达定量 表达定量软件根据比对的 sam 文件,计算 read counts,需要提供链特异性信息。 3.1 eXpress 非连特异性 默认,不需要设置 链特异性 如果使用dUTP:—rf...
用第一个链去测序 Since the sequencing primer binding site is located in the 5′-end adapter, all reads would start from the 5′-end of the first-strand cDNA 所以双端测序 第一个read 的序列信息就是 AGTGA 第二个read 的序列信息就是 ATGATC 所以将这两个reads比对到参考基因组 第一个read是反...
网址如下https://gtexportal.org/home/ 包含的组织类型和样本个数如下图所示 对于所有的样本,主要进行了以下三种分析 1.RNAseq通过illumina Truseq试剂盒构建polyA+文库,采用Hiseq 2000/2500进行测序,对于下机数据,采用STAR进行比对,参照选择的是gencode V19版本的gtf...
RNA-Seq文库采用Illumina MiSeq® 平台进行双端测序。对于特定长度插入片段的比对数量与文库中总比对片段数量进行了均一化处理。排除了比对到rRNA和线粒体基因组的片段。 综上,SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit Pico-Input Mammalian是针对皮克级哺乳动物总RNA挑战性样品,进行链特异性测序文库制备的完整解决方案。
在做reads比对的时候,如果是正链reads比对到基因方向,那这个read是正义链reads, 如果是正链reads比对到基因反方向,那这个reads 就是反义链reads。 右边的图 右边的图我觉得直接看比较利于理解 陈巍学基因-RiboZero和方向性RNA文库 这个视频讲的比较详细
1.一种用于同时检测两种以上长链RNA的特异性探针的设计方法,包括下列步骤:S100根据预设探针种类设计目标基因的长链RNA探针,作为候选探针,所述预设探针种类选自;mRNA探针、环状RNA探针或长链非编码RNA探针中的至少两种探针;S200将候选探针序列与所有探针的全长靶序列进行比对;S300若一候选探针的比对结果符合预设值,则保留...
从成人正常肝组织 FFPE 样品中提取总 RNA(Biochain # R2234149. RIN 2.5)并去除核糖体 RNA,再使用 NEBNext Ultra II RNA 链特异性试剂盒(结合 NEBNext rRNA 去除试剂盒 - 人/小鼠/大鼠)、含 RiboErase 的 Kapa Stranded RNA-Seq 试剂盒、含 RiboErase 的 Kapa HyperPrep 试剂盒和含 Ribo-Zero™ Gold ...
△图1用于研究体内RNA结构的高通量方法概述。 DMS-seq,硫酸二甲酯测序 2.hiCLIP的发展 —— 我们基于CLASH技术在开发hiCLIP方面的见解,这也依赖于邻近连接来鉴定由RBP约束的RNA双链体。 hiCLIP引入独特的连接步骤,其中使用另外的接头连接RNA双链体的两个臂(图1)。因此,hiCLIP克服了其他接近连接方法的以下三个限...
优选的,RNA链特异性建库试剂盒的逆转录酶为MMLV逆转录酶突变体,其氨基酸序列如SEQ ID NO:1所示。 所述RNA链特异性建库试剂盒可以采用板式试剂盒。 本发明还公开了一种双模式转录组快速建库试剂盒,包含上述的RNA链特异性建库试剂盒中的各组分。 双模式转录组快速建库试剂盒的组分可以采用CN115011669A公开的组分,除...