转录组学分析流程包括实验设计、RNA提取、RNA测序、数据分析和结果解释等环节,并依赖于一系列的软件工具来完成。下面将介绍转录组学分析的流程以及常用的软件。 1.实验设计:确定研究目的和假设,设计实验方案,包括样本的选择和处理方式等。 2.RNA提取:从样本中提取总RNA,并进行纯化和富集,去除DNA和其他杂质。 3. ...
1.基因组序列.fastq 2.基因注释.gtf 这一部分是前期数据准备的过程,通过测序或者数据库获取原始数据,用于后续的分析流程。 比对到参考基因组 操作步骤 1.构建参考基因组 2.序列比对 3.压缩和排序 4.建立索引 bam index 输出文件 对比结果.bam利用IGV可视化对比软件能够打开bam文件进行查看。 定量表达 操作步骤 ht...
转录组测序分析流程介绍, 视频播放量 2263、弹幕量 0、点赞数 17、投硬币枚数 10、收藏人数 53、转发人数 6, 视频作者 巴拉巴拉-11, 作者简介 浪得虚名,相关视频:网页版看文献神器diigo,倪海厦:用眼过度,一招恢复视力!,脾胃有病 嘴巴先知,另类解读之INFP,10xGenomi
转录组学分析流程及常用软件介绍
通过引用数排序，我们精选出目前引用数最多、应用最广的10个单细胞数据分析工具/流程。这些工具无疑将成为您未来研究的得力助手，让您在面对众多选择时，能够更加明智地做出决策。STAR（Spliced Transcripts Alignment to a Reference）是一款备受推崇的转录组数据比对工具，自2012年推出以来，在RNA-seq领域发挥了重要作用...
转录组学分析流程及常用软件介绍
笔记内容摘要:RNA-seq转录组基础知识与标准分析流程,简单记录学习过程。 转录组分析是对样本转录产物RNA的深入挖掘研究。通常情况下,植物的表型差异可能由许多因素控制,其中包括基因的转录环节,不同基因的转录情况有所不同,可能会使表型发生变化。 差异表达分析是对mRNA测序后获得表达矩阵,研究不同基因的表达量差异,除...
无参转录组分析流程 有参分析流程 OUTLINE 拼接(无参) 比对定量(RESM无参) 比对软件(Tophat2有参) ) 定量(HTSeq有参) 常用数据库介绍(NCBI,ENSEMBL) OUTLINE 拼接——Trinity(无参) 比对定量(RESM无参) 比对软件(Tophat2有参) ) 定量(HTSeq有参) 常用数据库介绍(NCBI,ENSEMBL) step1:Inchworm 1.分解测...