转录组与代谢组联合分析是基于两个组学各自的标准分析结果,将差异基因和差异代谢物在代谢通路上的注释结果进行关联分析,可以在代谢通路上更好地解释转录调控机制。基于KEGG功能通路和基于表达量数据的关联分析是当前转录组+代谢组常用的两种分析策略。 1 基于K...
转录代谢联合分析在国内外已取得了重要进展,研究人员主要采用生物信息学分析、机器学习等方法对转录组和代谢组数据进行整合和分析,发掘基因与代谢物之间的关联规律、识别基因和代谢物的关键调控节点、揭示生物体内代谢途径的调控机制等方面取得了重要进展。但是,如何对转录组和代谢...
图2 转录组和代谢组的PCA图 注：图中每个点代表一个样本，不同的颜色表示不同的组别；样本的距离越近，代表基因和代谢物的表达模式越相近；样本的距离越远，代表生物学处理对样本造成的影响越大。通过对a图和 b图的比较，可以看到转录组与代谢组表达趋势变化的异同。二、差异基因和差异代谢物的KEGG通路关联分析 ...
本研究对肿瘤移植14天后的PDAC AhR缺失小鼠和PDAC正常小鼠的肿瘤样本进行scRNA-seq测序;对PDAC肿瘤内巨噬细胞、组织内巨噬细胞进行转录组检测;对使用乳酸菌属培养基上清液进行代谢组检测;对使用乳酸菌(L. murinus)、约氏乳杆菌(L. johnsonii)、罗氏乳杆菌(L. reuteri)、肠乳杆菌(L. intestinalis)灌胃处理的C57BL/...
在转录组与代谢组相关性网络图里,节点表示代谢物,基因;边代表节点之间的相关性。红色边代表正相关,蓝色边代表负相关。颜色粗细代表相关性的强弱。 多组学联合分析将不同层面之间信息进行整合,从不同的组学角度共同探究生物体内潜在的调控网络机制,深层次理解各个分子之间的调控及因果关系,从而更深入地认识生物进程和...
目前,转录组和代谢组的联合分析主要分为两大部分,一是寻找共同的KEGG通路和富集功能;二是进行相关性的关联分析。将差异基因和差异代谢物在KEGG上共同富集的基因和代谢物进行联合分析,并计算差异基因和差异代谢物的相关性,构建相关性网络,可以找出引起代谢物发生变化的关键作用基因,确定关键的调控通路。
代谢组是指生物体在不同时期或不同生理状态下新陈代谢产生的所有内源性小分子代谢物,是生物体在内外调控下基因转录的最终结果,也是生物体表型的基础和直接体现者。基因表达以及表型性状的微小变化会在代谢层面得以放大,因此,代谢组学分析可以反映表型变化的分子机理。将转录组与代谢组进行联合分析可以实现基因表达与...
代谢组是指生物体在不同时期或不同生理状态下新陈代谢产生的所有内源性小分子代谢物，是生物体在内外调控下基因转录的最终结果，也是生物体表型的基础和直接体现者。基因表达以及表型性状的微小变化会在代谢层面得以放大，因此，代谢组学分析可以反映表型变化的分子机理。将转录组与代谢组进行联合分析可以实现基因表达与...
多组学联合分析可以系统地解析复杂的生物学调控机制,特别是“转录组+代谢组”联合分析,可以同时从“因”和“果”两个层面来探究生物学问题,筛选出关键基因、代谢物和代谢通路,在植物生长发育、逆境胁迫下的响应机制、植物次生代谢物等研究领域有广泛应用。
技术手段:RNA-Seq、LC-MS代谢组学 派森诺与鲁东大学携手合作,于近期在《PLOS ONE》上发表关于代谢组和转录组的联合分析,揭示了甜樱桃果实发育和成熟过程中涉及的代谢变化以及筛选到的相关候选基因。 研究背景 甜樱桃(Prunus avium L.)因其外观诱人、口感鲜美、营养价值丰富,是一种广受欢迎的商业果树作物。甜樱桃...