转录组与代谢组联合分析是基于两个组学各自的标准分析结果,将差异基因和差异代谢物在代谢通路上的注释结果进行关联分析,可以在代谢通路上更好地解释转录调控机制。基于KEGG功能通路和基于表达量数据的关联分析是当前转录组+代谢组常用的两种分析策略。 1 基于K...
haCCA(GitHub - LittleLittleCloud/haCCA: anchor spots pairs and high correlated feature pairs assist multi-module spatial assay integrating)是一个工作流程,它利用高相关性特征对并结合改进的空间形态学对齐,以确保空间转录组和代谢组数据点对点整合的高分辨率和准确性。 haCCA通过六个步骤整合空间转录组和空间代...
代谢组是指生物体在不同时期或不同生理状态下新陈代谢产生的所有内源性小分子代谢物，是生物体在内外调控下基因转录的最终结果，也是生物体表型的基础和直接体现者。基因表达以及表型性状的微小变化会在代谢层面得以放大，因此，代谢组学分析可以反映表型变化的分子机理。将转录组与代谢组进行联合分析可以实现基因表达与...
其中，转录组和代谢组的联合分析是一种常见的多组学研究方法。图1 转录组-代谢组关联分析流程图 一、 转录组和代谢组 PCA 比较分析 通过PCA方法，能够观察组内样本的聚集程度和组间样本的总体分布趋势，然后比较不同的组学的分布趋势的异同和变化。利用全部的基因与代谢物进行PCA的绘制。图2 转录组和代谢组的PCA...
单细胞转录组在细胞水平上展示了细胞中转录本差异变化,而代谢组则表征了组织中代谢物的差异变化,同时使用两种组学联合分析,可同时掌握细胞内的基因调控机制和代谢物丰度变化,揭示其间更深刻的分子机制。 多组学联合分析是发表高分文章的必要策略,高分文章更是产出不断!接下来,为大家分享6篇经典的“单细胞转录组+代谢组...
单细胞转录组可以为大脑不同细胞类型的无偏移样本定量,提供分子特征;但在验证和整合结果方面,还不能满足空间组织和功能定位方面的要求,也缺乏代谢信息,而空间转录组(ST)可以解决这一问题。在该文章当中,利用6名脑外伤患者术后样本进行空间转录组和空间代谢组联合分析,由此产生的空间标记基因可以反映人类受伤大脑中代谢...
联合分析策略小结 转录组/蛋白组+代谢联合分析策略包括: (1)代谢物和编码代谢物的上游基因/蛋白的表达一致性分析,从而解析代谢物编码基因/蛋白对下游代谢物的影响; (2)转录/蛋白和代谢物的表达相关性分析,从而揭示mRNA和代谢物在表达水平上的相关性,从而反应其在生物学过程或疾病进程中发挥的协同或者抑制作用; ...
转录组+代谢组关联分析整体可以分为两大部分,基于KEGG通路的kegg注释和富集分析;基于相关性的关联分析。 KEGG 基于KEGG的关联分析 KEGG通路注释 KEGG数据库的特点是,将基因和代谢物以图形化的形式显现出来,以便研究者了解生物体内基因与代谢的合成调控过程。对转录组与代谢组的...
利用“转录组+代谢组关联分析”，我们可以构建核心调控网络，找出与代谢物相关的功能基因，从而全面解析生物分子功能及调控机制，阐述复杂的生物学现象。关联分析内容 关联分析的优势 1、对不同组学的数据进行关联分析，弥补单一组学数据的局限性。2、构建基因调控网络，系统全面地解析生物分子功能和调控机制。3、从“因...
目前,转录组和代谢组的联合分析主要分为两大部分,一是寻找共同的KEGG通路和富集功能;二是进行相关性的关联分析。将差异基因和差异代谢物在KEGG上共同富集的基因和代谢物进行联合分析,并计算差异基因和差异代谢物的相关性,构建相关性网络,可以找出引起代谢物发生变化的关键作用基因,确定关键的调控通路。