1.DNA序列包含的内切酶分析。在构建质粒的时候常常需要知道目的序列里面存在哪些内切酶位点,我们可以用Primer 5来分析。当然也可以用SMS在线工具分析: 输入序列,点击“Submit”,就会罗列出序列中所有的内切酶情况: 如果内切酶不存在,在Positions中显示“none”, 如果存在,则显示位置。 2.计算DNA或者蛋白质序列的分子量。...
CpG岛:指的是一段200bp或更长的DNA序列,GC含量较高,并且由磷酸二脂键的CpG双核苷酸占CG含量一半以上。CpG岛富集于人类基因组启动子区域和起始外显子区,通常在这个区域容易出现DNA甲基化。 CpGplot:http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/emboss/cpgplot 以cosmid序列(Genbank号AC002398)为例 转录终止信号预测: ...
该平台采用“一站式”的方式对生物序列(包含DNA、RNA以及蛋白质序列)进行特征提取和选择、聚类分析、构建和评测机器学习模型,并将预测结果可视化。河南农业大学陈震教授、中国农业科学院棉花所赵佩副研究员和蒙纳士大学李晨博士为并列第一作者。该工具使用Python/PyQt5作为主要开发工具和编程语言,并在目前所有主流系统包括...
具体来说,生物信息学是把基因组DNA序列信息作为源头,确定基因组序列中代表蛋白质和RNA的基因编码区。同时,阐明基因组中大量存在的非编码区的信息实质,破译隐藏 2、在DNA序列中的遗传规律。在此基础上,归纳和整理与基因组遗传信息释放及其调控相关的转录谱和蛋白质谱的数据,从而揭示生命体的生长、发育、代谢和进化的...
该平台采用“一站式”的方式对生物序列(包含DNA、RNA以及蛋白质序列)进行特征提取和选择、聚类分析、构建和评测机器学习模型,并将预测结果可视化。河南农业大学陈震教授、中国农业科学院棉花所赵佩副研究员和蒙纳士大学李晨博士为并列第一作者。该工具使用Python/PyQt5作为主要开发工具和编程语言,并在目前所有主流系统包括...
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是一套在蛋白质数据库或 DNA 数据库中 进行相似性比较的分析工具。 BLAST 程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。 BLAST 结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST 对一条或多条序列 (可以是任何形式的 序列 )在一个或多个核酸或蛋白序列库中进行比对...
第二讲蛋白质序列分析与预测生物信息学 原理与方法目录一、基本方法二、在线工具--ExPASy系统简介一、基本方法1.Proteinidentificationandcharacterization蛋白质识别与特证描述2.DNA->Protein将DNA序列翻译成蛋白质序列3.Similaritysearches序列类似性检索(已讲)4.Patternandpro模式的搜索5.Post-translationalmodificationpredict...
用emboss中的transeq工具将DNA序列转化成蛋白质序列, 可使蛋白质序列中出现星号*,如:TPMTVLGSLHTPKSL...
从DNA到蛋白质工具 DNA与蛋白质互相转换的工具: Translate、transeq 把DNA 翻译为蛋白质 Backtranslation 从蛋白反向变为对应的核酸序列 Genewise 将蛋白质序列与基因组序列比较 FSED 输入可能的ORF序列判定是否存 在读码框漂移错误。 从DNA到蛋白质工具 基因预测软件 GENSCAN /GENSCAN.html HMMGENE http://www.cbs...
蛋白质的一些基本性质可直接分析其一级序列而获得,如蛋白质的氨基酸组成、分子质量、等电点(pI)、亲水性和疏水性、信号肽、跨膜区等。蛋白质的分子量和等电点可用一些本地化的软件如MacVector、OMIGA、DNAMAN、BioEdit等分析计算 在线可通过ExPASy的ComputepI/Mw(http://us.expasy.org/tools/pi_tool.html)或...