染色质免疫沉淀技术(chromatinimmunoprecipitation assay, CHIP)是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。 ChIP的一般流程: 甲醛处理细胞---收集细胞,超声破碎---加入目的蛋白的抗体,与靶蛋白-DNA复合物相互结合---加入ProteinA,结合抗体-靶蛋白-DNA复合物,并沉淀---对沉淀下来的复合物进行清洗,除去一些非特异性...
其中ChIP-Seq可以真实、完整地反映结合在DNA序列上的靶蛋白,是目前研究蛋白质-DNA互作的经典方法。 一、DNA-蛋白质互作——染色质状态和功能研究 在生物学研究中,DNA与蛋白质之间的互作(DNA-Protein Interactions,DPIs)是至关重要的,参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程,几乎...
CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagment)作为一种新兴的DNA蛋白互作研究技术,凭借其信噪比高,可重复性好,实验周期更快等优势,在植物以及动物细胞中的成功应用与科研文章的发表[1-2],受到广大科研工作者的信赖。 CUT&Tag是蛋白质与DNA互作研究的革新技术,其核心技术为pA/G-Tn5 Transposase,将Protein A/G与...
CUT&RUN 是一种使用靶标特异性一抗和Protein A - Protein G - 微球菌核酸酶 (pAG-MNase) 分离特异性蛋白-DNA 复合体的体内方法[1, 2, 3]。从细胞到 DNA 只需 1 至 2 天,并且它可以自动化,实现最大通量和可重复性[4]。 为了分离目标蛋白...
CUT&Tag技术发展历程 ChIP-Seq(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing)因能真实、完整地反映靶蛋白与DNA序列的结合情况,因而成为研究DNA-蛋白相互作用的经典方法。但ChIP-Seq继承了ChIP的难点与局限性:需要大量细胞投入(106-107),甲醛交联易导致假阳性或假阴性,对染色质的完整性、免疫沉淀抗体的特异性较为敏感,整体实...
DNA和蛋白质之间的相互作用是生物学中一个重要的研究领域。科学家们利用各种技术来研究这种相互作用,包括: 1. 色谱技术:利用各种色谱技术来分离和纯化蛋白质和DNA分子。 2. 电泳技术:利用各种凝胶电泳技术来测定DNA和蛋白质的大小、电荷和形态。 3. 免疫共沉淀技术:利用特定的抗体来共沉淀蛋白质和DNA分子,从而研究...
真核生物基因组DNA以染色质形式存在,研究蛋白质与DNA在染色质环境下的相互作用是阐明真核生物基因表达调控机制的基本途径。ChIP-seq是将染色质免疫沉淀技术(ChIP)与新一代测序技术(NGS)相结合[1],能够高效地在全基因组范围内检测与...
这俩技术都是用来研究蛋白质和DNA之间是怎么互动的。 先说说ChIP吧,这技术就像是个侦探,专门用来找出蛋白质和DNA之间的“秘密约会”。具体来说,就是用抗体去“勾搭”特定的蛋白质,然后把它们连同它们“勾搭”上的DNA一起拉出来。这样,我们就能知道这个蛋白质喜欢和哪些DNA序列“约会”了。 但是,ChIP有个小缺点,...
尽管ChIP-seq在近年来已广泛使用,但并不完美,还存在这样那样的问题。下面,我们就来看看ChIP-seq技术是如何一步步演化的。 染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)结合两种强大的技术,来研究蛋白质与DNA之间的相互作用。它具有灵敏度高和覆盖度高等特点,主要应用于转录因子结合位点、组蛋白修饰、基因组甲基化以及核小体定位等...
分析复合体关系。DNA-蛋白互作技术如EMSA、竞争实验、足迹实验、甲基化干扰实验等，分别用于检测DNA与蛋白质结合、精确序列部位、DNA保护区域和甲基化影响。ChIP技术则揭示转录因子与DNA的序列信息，Southwestern杂交则用于研究DNA结合蛋白的性质。这些方法共同推动了生物学研究的深入理解。