染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运...
在活细胞状态下获得自然状态下蛋白质、DNA结合复合物,通过试剂交联固定蛋白DNA复合物,破碎细胞后获得细胞核DNA片段,利用超声波方法将核DNA随机切断为一定长度范围内的染色质小片段,然后通过免疫学方法磁珠吸附沉淀染色质片段,特异性的富集蛋白结合的DNA片段,通过系列方法洗脱得到DNA片段并纯化与检测,从而获得蛋白质与DNA相...
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运...
1. 电荷相互作用 DNA和蛋白质相互作用的一个基本原理是电荷相互吸引。DNA上的磷酸基团带负电荷，而大多数蛋白质中含有带正电荷的氨基酸残基，如赖氨酸、精氨酸等。通过这种静电吸引，在不同的物理条件下，蛋白质可以具体结合到DNA的双螺旋结构上，从而影响DNA的转录和复制等生命活动。2. 氢键相互作用 在DNA和...
在许多的细胞生命活动中,例如DNA复制、mRNA转录与修饰以及病毒的感染等都涉及到DNA与蛋白质之间的相互作用的问题。近半个世纪以来, 前辈们在DNA-蛋白质复合物的构成和分解过程中进行了大量探索, 发展了一系列研究其互作关系的方法技术。 1.EMSA:凝胶迁移实验 ...
ChIP是研究DNA与蛋白互作的传统经典方法,需要将样本进行甲醛交联后再用超声设备进行片段化处理,之后利用特异性抗体进行靶向富集,将富集得到的DNA进行建库测序分析即得到靶向蛋白质互作的DNA信息。 02 CUT&Tag CUT&Tag是研究DNA与蛋白互作的新型技术,利用转座酶对抗体靶向区域进行切割,将切割得到的DNA序列可以一步扩增得到...
ChIP-Seq(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing)因能真实、完整地反映靶蛋白与DNA序列的结合情况,因而成为研究DNA-蛋白相互作用的经典方法。但ChIP-Seq继承了ChIP的难点与局限性:需要大量细胞投入(106-107),甲醛交联易导致假阳性或假阴性,对染色质的完整性、免疫沉淀抗体的特异性较为敏感,整体实验步骤复杂耗时长,测序...
一、DNA-蛋白质互作——染色质状态和功能研究 在生物学研究中,DNA与蛋白质之间的互作(DNA-Protein Interactions,DPIs)是至关重要的,参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程,几乎涉及所有的生命活动。 DNA结合蛋白是普遍存在的,在高等动植物中平均占蛋白/基因种类的10%(约2000个...
一、DNA-蛋白质互作——染色质状态和功能研究 在生物学研究中,DNA与蛋白质之间的互作(DNA-Protein Interactions,DPIs)是至关重要的,参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程,几乎涉及所有的生命活动。 DNA结合...