甲基化干扰实验(Methylationinterference assay)是根据DMS(硫酸二甲酯)能够使DNA分子中裸露的鸟嘌呤(G)残基甲基化,而六氢吡啶又会对甲基化的G残基作特异性的化学切割这一原理设计的另一种研究蛋白质同DNA相互作用的实验方法。 应用这种技术可以检测靶DNA中G残基的优先甲基化,对尔后的蛋白质结合作用究竟会有什么效应,...
凝胶阻滞或电泳迁移率实验(Electrophoretic mobility shift assay,EMSA),是一种研究DNA结合蛋白质和相关的DNA结合序列相互作用的技术,可用于定性和定量分析。 原理:基于DNA-蛋白质或RNA-蛋白质复合体在聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)中有不同迁移率,当蛋...
甲基化干扰实验(Methylationinterference assay)是根据DMS(硫酸二甲酯)能够使DNA分子中裸露的鸟嘌呤(G)残基甲基化,而六氢吡啶又会对甲基化的G残基作特异性的化学切割这一原理设计的另一种研究蛋白质同DNA相互作用的实验方法。 应用这种技术可以检测靶DNA中G残基的优先甲基化,对尔后的蛋白质结合作用究竟会有什么效应,...
1. 色谱技术:利用各种色谱技术来分离和纯化蛋白质和DNA分子。 2. 电泳技术:利用各种凝胶电泳技术来测定DNA和蛋白质的大小、电荷和形态。 3. 免疫共沉淀技术:利用特定的抗体来共沉淀蛋白质和DNA分子,从而研究它们之间的相互作用。 4. 交叉连接技术:利用化学交叉连接剂将蛋白质和DNA分子固定在一起,从而研究它们之间...
真核生物基因组DNA以染色质形式存在,研究蛋白质与DNA在染色质环境下的相互作用是阐明真核生物基因表达调控机制的基本途径。ChIP-seq是将染色质免疫沉淀技术(ChIP)与新一代测序技术(NGS)相结合[1],能够高效地在全基因组范围内检测与...
蛋白质与DNA互作主要包括组蛋白、转录因子、DNA甲基化酶和染色质重塑复合物等。为了研究蛋白质-DNA互作,科学家发明了很多方法:凝胶阻滞、DNaseⅠ足迹实验、甲基化干扰、体内足迹、酵母杂交、ChIP-Seq等。其中ChIP-Seq可以真实、完整地反映结合在DNA序列上的靶蛋白,是目前研究蛋白质-DNA互作的经典方法。但该技术需要...
▶技术原理 CUT&Tag是研究蛋白和DNA互作新兴的实验方法,该方法是通过蛋白特异性抗体引导Protein A-Tn5酶在目标蛋白结合的DNA位置进行切割,并且在序列两端加上测序接头,经过PCR扩增后形成可用于高通量测序的文库,随后对文库进行测序分析从而解析与目标蛋白结合的DNA片段。
在前面的《》一文中我们提到普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术。 我们经过系统的学习和整理发现研究蛋白-DNA互作共有三种应用广泛的技术,我们姑且称之为蛋白-DNA互作三驾马车,它们分别是:ChIP、EMSA和双荧光素酶实验。今天我们先来了解下染色质免疫沉淀ChIP技术。
在前面的《》一文中,我们提到研究蛋白-DNA互作共有三种应用广泛的技术,它们分别是:ChIP、EMSA和双荧光素酶实验。 今天再了解下凝胶迁移或电泳迁移率实验(electrophoretic mobility shift assay,EMSA)。 EMSA实验意义 生物体内DNA转录成RNA是基因表达的关键过程,基因表达调控主要发生在转录水平。近年来,基因分子生物学研究...
总之,uliCUT&RUN 技术将蛋白—DNA互作研究推进到低细胞量乃至单细胞,仍有较高的灵敏度。这对较难获得的细胞或组织(如早期胚胎)的研究是一大利好,利用该技术,研究人员在发现了多潜能性转录因子NANOG与其结合位点的互作依赖于SWI/SNF染色质重塑复合体组分BRG1。