修改方法:使用文本编辑器Sublime或NotePad++打开配体蛋白1vin.pdb,列选链名A,改为B,或采用字符替换方法,将A替换为B(注意前后各有一个空格,避免替换掉单词中的A)。 3.2 刚性对接 打开ZDOCK在线服务网页(https://zdock.umassmed.edu/)进行刚性对接。由于不清楚具体的作用残基(“盲对接”),所以勾选Skip residue s...
1.快速高效:ZDOCK 采用 FFT 算法,可以快速计算配体和受体的对接姿态,适合大规模计算。 2.全局对接:ZDOCK 执行全空间搜索,不需要先验的结合位点信息,因此可以识别出蛋白质可能的结合区域。 3.高精度打分:通过多种物理和知识导向的打分函数,ZDOCK 能够提高对接预测的准确性。 4.灵活易用:支持命令行操作,方便结合脚本...
例如,本例的受体和配体蛋白均为A链,可将配体蛋白改为B链。修改方法:使用文本编辑器Sublime或NotePad++打开配体蛋白1vin.pdb,列选链名A,改为B,或采用字符替换方法,将A替换为B(注意前后各有一个空格,避免替换掉单词中的A)。 3.2 刚性对接 打开ZDOCK在线服务网页(https://zdock.umassmed.edu/)进行刚性对接。由...
填入蛋白序列时,不同链之间用冒号分割。依次点击单元格即可。 Multimeter:这是一个功能预测工具,同样需要谷歌账号。但有时候预测结果不太准确,肽链会飞出来折叠不起来。 Hpepdock:专门用于蛋白多肽对接。上传PDB或序列,留下邮箱等待结果即可。 Haddock:专门用于蛋白蛋白对接。同样上传PDB或序列,留下邮箱等待结果。 ZDOCK...
QSAR模型讲解]up以后会搬运一些自己在学习过程中所遇到的一些新问题与大家一起学习。 2569-- 12:25 App 新手学分子对接之如何在ubuntu系统中安装autodock vina 455-- 8:36 App moe处理金属蛋白 2539-- 4:35 App 利用VMD绘制高质量的分子表面图片 16352 10:01 App [autodock vina]redocking 教程...
如何在pymol软件中直接下载蛋白结构; 结构加载; 另存格式讲解; 蛋白的8种展示风格; 展开更多 知识 科学科普 生物 生命 计算 PyMOL初级教程——1.初识PyMOL I_am_Becky 02:37 PyMOL初级教程——5.查看内置的Demo示例 I_am_Becky 5.8万2 PYMOL可视化蛋白质-蛋白质分子对接 ...
用途使用ucsfdock6.9程序进行分子对接计算,研究蛋白/核酸/多肽与有机小分子的结合模式与相互作用。预备知识分子对接的算法流程1.将配体放置在受体口袋中,搜索/调整配体构象,获得可能的结合构象;2.对每种结合构象进行打分评估,筛得若干最佳打分构象,称为姿势(pose)或
06对接计算 1 选择大方案-【蛋白/核酸/多肽-小分子对接( DOCK 6.9)】,创建任务,进入提交任务页面 2 上传受体、配体、位点文件,点击【显示盒子】 3 若盒子大小不合适,可调整盒子边缘,再次点击【显示盒子】 4 设置计算模式,点击【提交】。除非你知道为何选择其他模式,否则一律采用柔性配体对接模式。
用途使用ucsfdock6.9程序进行分子对接计算,研究蛋白/核酸/多肽与有机小分子的结合模式与相互作用。预备知识分子对接的算法流程1.将配体放置在受体口袋中,搜索/调整配体构象,获得可能的结合构象;2.对每种结合构象进行打分评估,筛得若干最佳打分构象,称为姿势(pose)或
以下网站(软件)也可进行蛋白多肽对接:MDockPeP、HPEPDOCK、pepATTRACT、 FlexPepDock、GalaxyPepDock、HADDOCK peptide docking、DINC和AutoDock CrankPep (ADCP) 2. 流程图 3. 步骤 3.1 准备蛋白质三维结构 打开殷赋云计算平台(https://cloud.yinfotek.com/)【处理pdb结构】小工具。