基本思路是先对蛋白和小分子进行预处理,去水加氢,因为他们会影响对接时相互作用的计算。然后设置对接口袋和对接参数,AutoDock是半柔性对接,即蛋白分子是刚性的,固定不动,小分子有一定结构柔性且在对接时会环绕蛋白分子寻找结合区域。保存设置好的对接文件进行对接,选取多次对接结果中结合能最高的一次作为对接结果,对接结...
基本思路是先对蛋白和小分子进行预处理,去水加氢,因为他们会影响对接时相互作用的计算。然后设置对接口袋和对接参数,AutoDock是半柔性对接,即蛋白分子是刚性的,固定不动,小分子有一定结构柔性且在对接时会环绕蛋白分子寻找结合区域。保存设置好的对接文件进行对接,选取多次对接结果中结合能最高的一次作为对接结果,对接结...
1、利用PyMOL将Alphafold3预测的cif结果文件中包含的两条蛋白质链导出为pdb格式。 2、利用刚性对接软件GRAMM/ZDOCK来进行分子对接【柔性对接更符合实际情况,但是这类软件需要付费】,GRAMM网址:https://gramm.compbio.ku.edu/request,ZDOCK网址:https://zdock.wenglab.org/,输入两个pdb文件【其中一个会被认定为受体...
蛋白-蛋白分子对接步骤蛋白-蛋白分子对接步骤 蛋白-蛋白分子对接步骤包括:准备蛋白结构,设定对接参数;利用对接软件模拟对接过程;分析对接结果,评估相互作用稳定性;优化对接模型,确定最佳结合构象。©2022 Baidu |由 百度智能云 提供计算服务 | 使用百度前必读 | 文库协议 | 网站地图 | 百度营销 ...
利用pymol打开zdock对接的complex,进行可视化,同时打开 InterfaceResidues的python文件可以找到蛋白-蛋白对接的界面,视频教程https://www.bilibili.com/video/BV1tZ4y137VB/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click&vd_source=2530fee38a2e3828d07aaa316ccd75b9#命令 interfaceResidue 1hwg, chain A, chain B ...
导入蛋白,或者直接fetch 4Y8A命令 image.png 切换到链选择模式,输入命令remove chain B image.png 返回残基选择模式 image.png 显示蛋白序列 image.png 以氨基酸名称显示 删除水分子,输入命令remove solvent,或把链为0的删掉 image.png 删除金属离子及其他溶剂分子或配体 ...
分子对接(金属酶-蛋白对接)详细讲解 AI模拟生物药物大佬 33:29 分子对接:autodock vina和 pymol蛋白处理、可视化 柒月玖玖玖诗 1:20:35 Autodock Vina分子对接完整步骤 DS医学生 13:49 叮咚叮咚19525 35:00 用autodock vina进行多肽多糖多酚-蛋白对接论文讲解实操 ...
分子对接定义: 定义1:分子对接是通过受体的特征以及受体和药物分子之间的相互作用方式来进行药物设计的方法。主要研究分子间 (如配体和受体)相互作用,并预测其结合模式和亲合力的一种理论模拟方法。 定义2:分子对接即在计算机中模拟分子识别的过程,其目的是为了找出蛋白及其配体的最佳结合构象,并确保复合物整体的结合自...
Autodock分子对接--完结撒花! 先看一下蛋白质相互作用关系数据库(如果无法打开属于网络问题,不要问我): 1.DIP 实验方法测定的蛋白质之间的相互作用。 2.BioGRID 主要收集模式生物物种中涉及的蛋白质间相互作用,是各种相互作用的数据集 搜索基因名即可出结果,可以导出 ...
即蛋白质-蛋白质对接（简称为对接）