③ 两个蛋白分别命名为Receptor和Ligand,可以直接输入PDB ID,也可以加载本地的PDB数据文件。这里以1QQU(猪胰蛋白酶)的A链为receptor,1BA7(大豆胰蛋白酶抑制剂)的B链为ligand。如果不填写具体的链,默认以整个蛋白为单位进行对接。 ④点击Dock即可进行对接。 3.查看程序运行情况:点击“Dock”后网站会弹出正在运行的...
autodock-vina分子对接文件准备及操作思路(1)——小分子药物和大分子蛋白的.pdbqt文件获取 4155 2 04:39 App 最新破解版Pymol3.0分子对接可视化软件手把手安装教程,非常适合小白安装 929 0 04:24 App Pymol-分子对接可视化分析(下)-傻瓜式教程 1244 0 18:36 App Pymol分子对接可视化软件初学者入门课程指南 25...
分子对接pymol安装教程,24年12月,网络药理学,生物制药,蛋白分析,大家一起来装库(4), 视频播放量 565、弹幕量 0、点赞数 10、投硬币枚数 2、收藏人数 21、转发人数 4, 视频作者 哥尔D平平, 作者简介 我要改名叫宝宝海绵,从此过着幸福的生活,相关视频:分子对接pymol
【分子对接结果表征】使用pymol对小分子-蛋白复合物进行可视化分析 合并受体和配体分子 打开Pymol,File-Open依次载入受体(pdb)、配体分子,点击Receptor-Action-remove waters去除受体中的水分子, File-Save Molecule…,同时选择受体和配体,保存为complex.pdb; File-Open载入刚刚的复合物complex.pdb, 基本可视化操作: cli...
col）然后寻找两个分子之间的氢键（A-find-polar contact to any atoms）；第二种是选择其中一个蛋白...
进行画图？谢谢！我对接的 是1ysw蛋白，不知为什么pymol打不开优化后的蛋白，显示bad substructure id...
老板让用软件预测两种蛋白质能否结合。我不会做,请各位大神帮帮忙,谢谢!邀请讨论切换到完整评论 评论shouzhu 2021-04-28 15:08:24 我也想学习。哪位大神有教程。 赞(0) 踩(0) 回复 共1 条 1 科研狗(小组) 小组最新话题有些人真无聊 首席躺平官 06-22 文献求助 zlmhdjc 05-14 文献求助 粉笔03-...
col）然后寻找两个分子之间的氢键（A-find-polar contact to any atoms）；第二种是选择其中一个蛋白...
进行画图？谢谢！我对接的 是1ysw蛋白，不知为什么pymol打不开优化后的蛋白，显示bad substructure id...
---以下就是vina来做对接--- 17:00-18:10:导入处理好的蛋白和配体,设置对接盒子,输出config.txt。 18:10-20:30:vina对接并分析结果,保存pdb文件。 ---以下就是autodock结果来可视化--- 20:30-31:30:显示氢键长度,显示氨基酸残基名称。