并使用pymol自带的distance命令计算各种相互作用,主要有以下四种相互作用 ps:大家可以修改脚本中各个相互作用的cutoff,pymol显示相互作用自带不精确,但是可以大致看看。 使用说明 terminal:pymol -qc show_protein_protein_interaction.py -- pdb文件 Chain ID(可以是单链也可以是多链,多链之间用“+”号) Chain ID...
分享一个小pymol脚本自动化显示小分子-蛋白相互作用(氢键、盐桥、Pi-Pi、Cation-Pi)。该脚本主要利用pymol自带的distance命令去判断各种相互作用。 代码 #!/usr/bin/env python # -*- coding:utf8 -*- from pymol import cmd from pymol.cmd import util import sys import os def HBondA(pdb,lig): nam...
展示小分子与蛋白质相互作用的自动化Pymol脚本，通过Pymol自带的distance命令，实现对氢键、盐桥、Pi-Pi、Cation-Pi等相互作用的判断。脚本使用方法如下：终端运行“pymol -qc show_interaction.py -- pdb所在路径”，例如将pdb与py脚本存于同一文件夹，并执行“pymol -qc show_interaction.py -- .”...