我们这里保存为PDB格式蛋白文件文件名称:1E8Y_PYMOL.pdb。 如果我们去掉的组分比较多,比如有多条链,去掉了其中的一些链,把不需要的水分子,离子,溶剂分子去掉,只保留对对接需要的部分,对剩下的结构我们需要进行一个修复。这里需要一个网页工具,地址:https://swift.cmbi.umcn.nl/servers/html/model.html. 做法是...
最后,这些都是在蛋白结构已知的蛋白分子对接,如果我们要对接的蛋白,没有晶体结构,在PDB中是检索不到的,在UniProt 中的Structure是不会显示的。比如DRAM1这个蛋白,是没有结构的,所以在UniProt 中的Structure是灰色。 如果要对接的蛋白没有结构,我们又要对接,那就只能是自己通过软件预测了。蛋白质结构预测的方法有从头...
选择你要提取的化合物构象,填写输出文件名,点击【提取】。该功能主要用于提取对接结果用于其他分析。 4. 合成复合物 步骤同提取构象。该功能主要用于生成受体与对接结果的复合物,用于其他分析。 5. 文件列表 从这里可以下载所有计算文件。 其他计算教程: 【分子对接教程】蛋白/核酸/多肽-小分子对接(DOCK 6.9) 准备...
功能入口：左侧菜单栏【计算方案】->【大方案】->【分子对接】->【蛋白/核酸/多肽-小分子对接 DOCK 6.9】步骤 配置任务 上传受体和配体文件注意：两者须事先处理，可参考《处理PDB结构》和《准备化合物结构》教程。定义对接口袋，有2种方式：上传文件上传一个分子坐标文件，以指定盒子中心。例如：晶体结构中的共...
使用UCSF DOCK 6.9程序进行分子对接计算,研究蛋白/核酸/多肽与有机小分子的结合模式与相互作用。 预备知识 分子对接的算法流程 将配体放置在受体口袋中,搜索/调整配体构象,获得可能的结合构象; 对每种结合构象进行打分评估,筛得若干最佳打分构象,称...
分子对接(金属酶-蛋白对接)详细讲解 AI模拟生物药物大佬 33:29 分子对接:autodock vina和 pymol蛋白处理、可视化 柒月玖玖玖诗 1:20:35 Autodock Vina分子对接完整步骤 DS医学生 13:49 叮咚叮咚19525 35:00 用autodock vina进行多肽多糖多酚-蛋白对接论文讲解实操 ...
分子对接如何操作? 首先,为了便于观察蛋白,小果习惯第一步先让蛋白线性显示,具体调整方式如下:在黑色区域右键,点击display style 随后关闭蛋白的显示并让原子以线性方式显示: 再关闭红球的显示 随后我们打开处理好的小分子配体 然后就可以点开分子对接选项啦:Receptor-Ligand Interactions->Dock Ligands,可以看到这里有三种...
薛定谔 Mastro2022-4和autodock【分子对接】软件安装教程 349 -- 21:25 App OpenBabel3.1.1分子对接软件安装教程 929 1 12:36 App Cytoscape3.9.1安装教程 654 -- 14:42 App primer5 安装教程 454 -- 27:29 App Fiji image J 1.8.0安装教程和问题解答 80 -- 43:25 App CytExpert2.5【中文版】...
｜对接教程｜ 一、 找到需要对接的蛋白质的晶体结构这时我们要去可以去PDB数据库下载蛋白质的结构。可供...
分子对接教程 | 选择合适的蛋白受体 蛋白质的三级结构是整条多肽链的三维空间结构，研究其结构对理解蛋白质功能至关重要。获取蛋白质三级结构最常见的方法是X-射线衍射法，此方法仍被广泛采用。此外，核磁共振法和冷冻电子显微镜技术也可用于结构测定。PDB数据库汇集了通过上述方法获取的蛋白质结构，是研究...