三款软件其实作为普通使用者,都很傻瓜式操作,大致都是四步:准备对接的小分子配体,准备对接的受体蛋白,圈出蛋白上的活性位点,把小分子配体对接上去。 Discovery Studio:是视频课里主要学习的软件,能看蛋白上的共结晶化合物与蛋白的作用方式,对接之后配体和蛋白的3D作用方式以及2D作用方式,如果是DNA和小分子配体对接可...
除了可以用ZDOCK来做蛋白质-蛋白质分子对接，还有什么在线网站或者是软件可以做蛋白质和DNA、蛋白质和蛋白...
不识别DNA序列（蛋白质做为受体，DNA做为配体），是需要有其他的设置么？都说可以做蛋白质-DNA的对接...
⑧ 最后进行分子对接。选择dock ligands,选择好准备好的配体和蛋白之后,run。 ⑨ 左栏出现一堆对接好的结果,第一个是打分最高的,选中第一个改一下分子的呈现模式为stick。 ⑩ 点击左栏view interactions以及show 2D Diagram 五、DS进行DNA分子对接 ① 准备配体和蛋白对接一样 ...