对蛋白质和小分子的结构进行预处理,包括去除水分子、添加氢原子、修复缺失的原子等。 选择对接软件 🛠️ 选择适合你需求的对接软件,如AutoDock、AutoDock Vina、GOLD等。这些软件通常有免费版本或试用版本可供使用。 设置对接参数 ⚙️ 在对接软件中设置相关参数,包括搜索空间的定义、对接算法的选择、运行的迭代...
配体小分子准备流程与smina 软件进行蛋白小分子的分子对接(一):已有结合其他先验配体信息的蛋白新配体分子对接,smina 软件进行蛋白小分子的分子对接(二):已知结合位点信息自定义对接盒子的蛋白配体小分子对接和smina 软件进行蛋白小分子的分子对接(三):未知结合位点信息的蛋白配体小分子盲对接中的配体小分子准备一样。 (...
DiffDock是一种基于深度生成模型(deep generative modeling)的蛋白-配体对接工具,它通过扩散生成模型(Diffusion Generative Model)模拟配体(小分子,如药物分子)与蛋白的相互作用。 相比传统的分子对接方法(如AutoDock、Rosetta等),DiffDock学习配体构象的分布,并通过逐步更新平移、旋转和扭转角度,从噪声中生成可能的配体对接...
1️⃣ 收集结构:首先,获取蛋白质和小分子的三维结构。蛋白质结构可从PDB等数据库获取,小分子结构则可通过化学软件或数据库获取,或自行绘制。2️⃣ 预处理结构:对蛋白质和小分子进行预处理,如去除水分子、添加氢原子、修复缺失的原子等。3️⃣ 选择对接软件:根据需求和计算资源选择合适的对接软件,如AutoD...
本教程讲述如何使用殷赋云平台的【蛋白/核酸/多肽-小分子对接(DOCK Vina)】方案和相关小工具,实现含共晶配体的蛋白与小分子的对接计算。 2. 流程图 3. 结构信息 受体蛋白:人Serine/threonine-protein kinase B-raf蛋白,uniprot AC号:P15056,PDB编号:5ITA ...
优先选择实验解析的蛋白结构,且分辨率较低结构缺失较少的蛋白结构。这里确定IDENTIFIER为4Y8A,共A/B两条链 PDB数据库:https://www1.rcsb.org/ image.png image.png 下载蛋白结构到工作文件夹,注意分子对接工作文件路径不能存在中文 总结:需要根据一些文献知识,了解一般配体所在的部位即相关活性位点。有没有已知的结...
1. 📋 准备阶段:首先,你需要准备好蛋白质的序列以及DNA/RNA或pdb文件。小分子可以通过Chemdraw或Discovery Studio Client进行文件构建。 🔧 对接过程:对接运算可以通过alphafold3、Hdock或HADDock进行。 📊 结果分析:从对接结果中选出优势复合体,然后使用PDBePISA、PILP或ligplus进行互作氨基酸-碱基或碱基-化学基团...
蛋白质 小分子 分子模拟 分子对接 【敲黑板】4.Discovery studio分子对接结果的可视化 小宋要加油呀呀 Discovery Studio | 使用ZDOCK进行单受体蛋白-多配体蛋白对接 东方科软 35830 [Discovery Studio]用DS进行简单分子对接,几分钟搞定哦 龙猫不吃糖葫芦 2.5万9 ...
蛋白-小分子对接 1.项目说明 采用分子对接技术研究化合物1与受体PARP1的结合模式（图1）。图1.化合物1的化学结构 2.计算方法 从RCSB Protein Data Bank（http://www.rcsb.org）下载PARP1的X-ray晶体结构（PDB 编号：4RV6，分辨率：3.19 Å），以第一个构象作为受体结构。[1].采用UCSF Chimera软件建立...
1.小分子配体的结构:小分子配体的结构对其与蛋白质的对接结合能标准具有重要影响。一般来说,小分子配体的结构越符合蛋白质的结合口袋,其对接的结合能标准就会更高。 2.蛋白质的结合口袋:蛋白质的结合口袋大小、形状、电荷等性质会直接影响小分子配体与蛋白质的对接结合能标准。如果结合口袋与小分子配体的结构不匹配,...