蛋白-小分子对接最重要的一点是确定配体的结合位点,根据结合位点信息可将对接过程分为多种方式。(1)只有蛋白结构(没有结构的现在也可以通过Alphafold系列软件建模),却没有任何关于该蛋白的配体结合位点的信息。该种情况下可以通过两种方式进行对接。(a)对蛋白和配体进行盲对接。盲对接即设置对接盒子包括整个蛋白,然后对...
确认蛋白、配体以及对接盒子; 设置打分函数(Scoring Function)、搜索模式(Search Mode)、保留的结果数量(Number of Results to Keep);打分函数我们选择Vina;“Keep Multi Binding Poses for Each Ligand”:每个配体生成多个构象;“Number of Binding Pose”:生成的构象1个;“Energy Range (kcal/mol)”:选择最优的打...
导入小分子Curcumin.pdb文件 image.png 在选择一个分子作为配体或受体之前,必须把所有的氢都加到这个分子上。 这里打开小分子文件后,加氢这一步弹出的窗口默认就行,如果读入的mol2格式的文件,那么在方法处选择的是withBondOrder ,默认也是withBondOrder。 image.png 将分子选择为配体 image.png 检测中心 image.png ...
打开殷赋云平台【蛋白/核酸/多肽-小分子对接(DOCK 6.9)】大方案,创建任务,进入提交任务页面; 上传受体和配体结构文件; 上传共晶配体文件,点击【显示盒子】; 使用【准备受体三维结构】步骤中生成的包含口袋位点信息的共晶配体文件定义对接口袋 该步骤的目的是告知程序在受体中哪个区域进行分子对接。 稍等片刻,即返回盒子...
1. 📋 准备阶段:首先,你需要准备好蛋白质的序列以及DNA/RNA或pdb文件。小分子可以通过Chemdraw或Discovery Studio Client进行文件构建。 🔧 对接过程:对接运算可以通过alphafold3、Hdock或HADDock进行。 📊 结果分析:从对接结果中选出优势复合体,然后使用PDBePISA、PILP或ligplus进行互作氨基酸-碱基或碱基-化学基团...
蛋白质 小分子 分子模拟 分子对接 【敲黑板】4.Discovery studio分子对接结果的可视化 小宋要加油呀呀 Discovery Studio | 使用ZDOCK进行单受体蛋白-多配体蛋白对接 东方科软 35830 [Discovery Studio]用DS进行简单分子对接,几分钟搞定哦 龙猫不吃糖葫芦 2.5万9 ...
蛋白-小分子对接 1.项目说明 采用分子对接技术研究化合物1与受体PARP1的结合模式（图1）。图1.化合物1的化学结构 2.计算方法 从RCSB Protein Data Bank（http://www.rcsb.org）下载PARP1的X-ray晶体结构（PDB 编号：4RV6，分辨率：3.19 Å），以第一个构象作为受体结构。[1].采用UCSF Chimera软件建立...
1.小分子配体的结构:小分子配体的结构对其与蛋白质的对接结合能标准具有重要影响。一般来说,小分子配体的结构越符合蛋白质的结合口袋,其对接的结合能标准就会更高。 2.蛋白质的结合口袋:蛋白质的结合口袋大小、形状、电荷等性质会直接影响小分子配体与蛋白质的对接结合能标准。如果结合口袋与小分子配体的结构不匹配,...
蛋白-小分子对接 1.项目说明 采用分子对接技术研究化合物1与受体PARP1的结合模式(图1)。 图1.化合物1的化学结构 2.计算方法 从RCSBProteinDataBank(http://.rcsb)下载PARP1的X-ray晶体结 构(PDB编号:4RV6,分辨率:3.19Å),以第一个构象作为受体结构。 [1].采用UCSFChimera软件建立化合物1的三维结构,并进...
蛋白-小分子对接(含同源建模)1.项目说明采用同源模建方法构建单链抗体(以下简称“抗体”)的三维结构,通过分子对接方法预测化合物的结合模式(图1)。..