打开殷赋云平台【蛋白/核酸/多肽-小分子对接(Vina)】大方案,创建任务,进入提交任务页面; 上传受体和配体结构文件; 上传共晶配体文件,点击【显示盒子】; 使用【准备受体三维结构】步骤中生成的包含口袋位点信息的共晶配体文件定义对接口袋 该步骤的目的是告知程序在受体中哪个区域进行分子对接。 稍等片刻,即返回盒子中心...
确认蛋白、配体以及对接盒子; 设置打分函数(Scoring Function)、搜索模式(Search Mode)、保留的结果数量(Number of Results to Keep);打分函数我们选择Vina;“Keep Multi Binding Poses for Each Ligand”:每个配体生成多个构象;“Number of Binding Pose”:生成的构象1个;“Energy Range (kcal/mol)”:选择最优的打...
结果表明(图 5),抗体存在4个可能的结合位点(Site 1-4),其中Site 1-3位于环桶状结构区域开口同一侧,Site 4位于另一侧。Site 4体积最小,不足以容纳小分子,我们认为该区域为伪位点。因此,我们选取Site1-3作为分子对接的3个潜在的结合位点。 图5.抗体的预测结合位点 D.结合模式分析 采用DOCK6.7软件针对3个潜在...
AutoDock蛋白-分子对接(详细操作步骤教学) 素衣 谱度众合(武汉)生命科技有限公司 研发工程师 在化学分子与蛋白质互作研究中(如药物与靶蛋白),分子对接是一个常用的手段,许多高分期刊中也能看到分子对接的结果。分子对接可以得到配体分子和受体蛋白的结合位置及其结合强度。在模拟对接过程中会得到很多个分… ...
优先选择实验解析的蛋白结构,且分辨率较低结构缺失较少的蛋白结构。这里确定IDENTIFIER为4Y8A,共A/B两条链 PDB数据库:https://www1.rcsb.org/ image.png image.png 下载蛋白结构到工作文件夹,注意分子对接工作文件路径不能存在中文 总结:需要根据一些文献知识,了解一般配体所在的部位即相关活性位点。有没有已知的结...
5.10 蛋白质-小分子分子对接 生物信息学是一门发展潜力巨大的交叉学科。它体现了生物学、计算机科学、数学、物理学等学科间的渗透与融合,通过对生物学实验数据的获取、加工、存储、检索与分析,达到揭示数据所蕴含的生物学意义从而解读生命活动规律的目的。生物信息学不仅
首先加工处理小分子ad_ligand.pdb 给小分子加H原子 给小分子加电荷 加工完成后指定为要对接的ligand 自动确定扭矩中心 确定对接过程中键的旋转与否,绿色为可旋转。 加工完成,将加工结果保存为pdbqt文件。 接下来处理蛋白质分子 先把刚才载入的小分子删除
蛋白-小分子对接 1.项目说明 采用分子对接技术研究化合物1与受体PARP1的结合模式(图1)。图1.化合物1的化学结构 2.计算方法 从RCSB Protein Data Bank(http://www.rcsb.org)下载PARP1的X-ray晶体结构(PDB 编号:4RV6,分辨率:3.19 Å),以第一个构象作为受体结构。[1].采用UCSF Chimera软件建立...
功能入口:左侧菜单栏【计算方案】->【大方案】->【分子对接】->【蛋白/核酸/多肽-小分子对接 DOCK 6.9】步骤 配置任务 上传受体和配体文件注意:两者须事先处理,可参考《处理PDB结构》和《准备化合物结构》教程。定义对接口袋,有2种方式:上传文件上传一个分子坐标文件,以指定盒子中心。例如:晶体结构中的...
蛋白-小分子对接(含同源建模)1.项目说明采用同源模建方法构建单链抗体(以下简称“抗体”)的三维结构,通过分子对接方法预测化合物的结合模式(图1)。图1.化合物两种构型的化学结构2.计算方法本研究采用的计算方法简述如下(详见《计算方法》文档):A.采用在线工具PIGSPro预测抗体的三维结构,通过分子动力学模拟优化结构;B...