蛋白质–蛋白质对接 蛋白质–蛋白质对接（protein-protein docking）是2018年公布的生物物理学名词。定义 采用能量最小化等规则，获得两个或多个蛋白质分子形成复合物模型的计算过程。出处 《生物物理学名词》第二版。
如果您正在进行这些可视化,那么您实际上已经下载了您想要对接的两个分子(受体和配体)的 PDB 结构,并使用 ZDock/PatchDock 或 Cluspro 等蛋白质-蛋白质对接软件对接它们,下载对接的 PDB文件,并安装 PyMOL 以可视化这些受体-配体相互作用。 还在等什么?让我们开始吧! 只需按照这五个简单的步骤来制作您自己的可视化!
对接的过程中会考虑如下因素: 形状互补 亲疏水性 表面电荷分布两种蛋白质-蛋白质分子对接: Rigid Docking 刚性对接–目前可用的大多数软件为刚性对接。 Flexible Docking 柔性对接–计算量大,可用软件少,且多为收费软件。蛋白质相互作用常用对接软件 ZDOCK GRAMM-X...
蛋白质对接在细胞生物学、分子生物学、免疫学和疾病领域中都具有重要的作用,比如,含有蛋白质交互作用的分子可以用来抑制炎症,因此它们可以用于治疗一些常见的疾病,如多发性硬化症和骨关节炎等。 其次,蛋白质对接研究的技术可以总结为三个方面:一是结构基础研究,包括受体结构预测、受体拟药物设计等;二是功能验证,包括...
蛋白质-蛋白质相互作用是生命科学重大前沿课题。本工作旨在通过研究蛋白质分子间相互作用，建立新的考虑溶剂效应的分子柔性对接方法。内容包括：1、蛋白质分子间相互作用的动力学过程。用扩展随机动力学方法（SDBEM）对蛋白质复合物进行动力学模拟，研究溶剂效应和分子柔性对蛋白质分子结合动力学的影响。2、蛋白质复合物...
1️⃣ 定义蛋白旋转自由度和相互识别设置:首先,需要明确蛋白质的旋转自由度,并设置相互识别的参数。2️⃣ 选择相互作用搜索方法:根据具体需求,选择合适的蛋白质相互作用搜索方法。3️⃣ 精细优化与聚类分析:对搜索结果进行精细优化,并进行聚类分析,以找到最有可能的对接模式。4️⃣ 预测结合模式:最终,...
蛋白质-蛋白质分子对接方法的研究 下载积分: 2990 内容提示: 月沼鱿才了 甘刃 /位 价伪姐母报《 姐恰t价价 砚与性价信息母 ,专趁报 告蛋 白质·蛋白质 分子对接方法的 研究5 4·2 0奎 壹坐,沈龙珠,龚 新奇,常珊,陈慰祖,王存 新北 京工业才笋全希 群笋 与全匆工… 窟尝院 君京1 00炙 纷 ...
对接zdock蛋白质分子软件信息学 山东大学生物信息学课题组荣誉出品 http://.crc.sdu.edu/bioinfo 《生物信息学》第五章:蛋白质结构预测与分析(第三部分) 蛋白质-蛋白质分子对接:常用对接软件ZDOCK 除了实验方法和从数据库中获取,还可以通过计算机预测蛋白质的四级结构。这种预测 技术叫分子对接(moleculedocking)。Doc...
蛋白质对接是利用单独的蛋白质结构计算蛋白质复合物的结构 L L R R 蛋白质与蛋白质的对接问题 蛋白质之间分子能量的计算或者是评价函数的确定 搜索方法的选择，使之近可能的到达全局最优 已有的P-P算法 FTDock、3D-Dock是利用快速傅立叶变换(FFT)来计算蛋白质之间的对接 HEX是利用了球谐函数校正傅立叶变换GRAMM...