研究技术:ATAC-seq、ChIP-seq、BS-seq、RNA-seq、Hi-C 主要内容: 通过ATAC-seq和ChIP-seq等技术手段鉴定了玉米穗部和雄穗发育过程中的开放染色质区域 (OCRs),并分析了这些区域周围的组蛋白修饰和DNA甲基化特征。利用RNA-seq数据集研究了穗部和雄穗中差异表达的基因,并探讨了这些基因的顺式和反式调控机制。通...
研究技术:比较基因组学、ATAC-seq、RNA-seq、CRISPR/Cas9基因编辑 主要内容: 本研究通过比较基因组学、ATAC-seq技术、RNA-seq分析和CRISPR/Cas9基因编辑技术,深入探究了6种葫芦科作物(黄瓜、西瓜、甜瓜、南瓜、丝瓜和葫芦)早期果实发育中的保守顺式调控元件(CREs)。研究团队鉴定了大量保守非编码序列(CNSs),包括特定...
15天后,一半茶树被移入4℃的湿度、光周期相同的气候控制室内24h(LT处理组),另一半作为对照组(CK组),每组三个生物学重复,收集第二和第三片叶子,分别进行ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq。 图1 实验策略流程图 研究结果 1 ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq结果概述 对照组(CK)和在4℃下处理了24h(低温,LT)植物样...
通过这四期文献集锦,我们全面地了解了ATAC-seq技术在植物研究中的广泛应用和重要价值。从基因组结构、生长发育调控、果实发育机制探索,到生物和非生物胁迫响应,ATAC-seq技术为我们揭示了植物基因组中活跃调控区域的神秘面纱,并阐释了这些区域如何与植物的各种生物学过程紧密相连。 在基因组篇展示了ATAC-seq技术在解析植...
ATAC-seq是一种用于探究染色质开放性区域的技术，通过利用Tn5转座酶接近核小体疏松区域切割暴露的DNA，获得开放的染色质区段，进而通过高通量测序及生物信息学分析挖掘潜在的活跃转录因子及其靶基因，以此探究生物学相关问题。该技术因其能够提供全基因组范围内染色质状态的视图，广泛应用于表观遗传学、转录...
往期推文我们给大家介绍了《植物ATAC-seq文献集锦(一)——基因组篇》,本期我们聚焦ATAC-seq技术在植物生长发育方向的应用案例。 案例一:Systematic identification of wheat spike developmental regulators by integated multi-omics, transcriptional network, GWAS, and genetic analyes ...
ATAC-seq植物组织样本要求植物组织样本送样要求 1.样本制备 1)采集前用ddH20洗去组织表面泥土等杂质,吸干。 2)将组织装入事先做好标记的离心管中,立即液氮速冻2min,-80℃保存。 如没有液氮,也可以立即在干冰上放置15min,-80℃保存。 注:请同时在管盖和管壁上标记样品信息,并且标记清晰。 为避免管子在运输...
植物利用ATAC-seq技术进行基因表达调控研究的意义重大。首先,通过ATAC-seq技术可以全面地了解植物基因组的开放性染色质特征,揭示基因调控网络的整体结构和功能模式。其次,ATAC-seq技术可以帮助我们识别和鉴定出参与植物生长发育、逆境响应等重要生物学过程的关键基因和调控元件。这对于植物的遗传改良、新基因的发现以及对复杂...
采用的是颉伟老师实验室 miniATAC-seq建库的protocol, 参考文献:Chromatin analysis in human early development reveals epigenetic transition during ZGA 其实步骤挺少的,我在建库的时候目前能够明确和保证的是 1、细胞活性好,而且是完整的, 2、采用的是去垢剂是 0.3% tritonx-100 冰上裂解10min ...
往期推文我们给大家介绍了《植物ATAC-seq文献集锦(一)——基因组篇》,本期我们聚焦ATAC-seq技术在植物生长发育方向的应用案例。 案例一:Systematic identification of wheat spike developmental regulators by integated multi-omics, transcriptional network,GWAS, and genetic analyes ...