根据NCBI的资料,除了模式植物拟南芥外,近年来使用ATAC-seq技术的植物物种至少有数十种,涵盖了以下几类: 表1.ATAC-seq在植物物种中的应用 前面推文我们给大家介绍过《干货!破解植物和真菌ATAC-seq技术难关》,接下来,我们将重点介绍ATAC-seq在植物研究领域的应用,首先是基因组篇。 文献一:Integrated 3D genome, epigen...
研究技术:ATAC-seq、RNA-seq、亚细胞定位、Y1H、双荧光素酶报告基因实验、ChIP-qPCR、EMSA 主要内容: 本文通过ATAC-seq和RNA-seq技术手段,研究了木瓜成熟过程中染色质可及性和基因表达的变化,特别关注了乙烯和生长素信号途径之间的相互作用。研究揭示了转录因子CpAGL18在木瓜成熟过程中的关键作用,该因子通过整合乙烯...
15天后,一半茶树被移入4℃的湿度、光周期相同的气候控制室内24h(LT处理组),另一半作为对照组(CK组),每组三个生物学重复,收集第二和第三片叶子,分别进行ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq。 图1 实验策略流程图 研究结果 1 ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq结果概述 对照组(CK)和在4℃下处理了24h(低温,LT)植物样...
总的来说,ATAC-seq技术在植物生长发育研究中发挥着重要作用,通过一系列案例分析,我们见证了这一技术如何揭示植物基因组中活跃的调控区域,以及这些区域如何与植物的生长发育紧密相连。这些研究成果不仅丰富了我们对植物生长发育分子机制的理解,也为未来的植物育种和改良工作提供了新的策略和方向。 爱基自荐 爱基百客拥有丰...
近年来，ATAC-seq技术在植物研究中的应用得到了广泛的关注和应用，研究者们使用该技术分析了不同植物物种的基因组结构和功能。以下几篇文献分别展示了ATAC-seq技术在植物研究中的应用和发现。文献一：通过综合分析水稻的3D基因组、表观基因组和转录组，研究发现，在不同的光照条件下，与昼夜节律相关的基因...
通过RT-qPCR分析,验证了ATAC-seq分析梨中P. expansum感染的准确性。 Fig5.CK和T样本的染色质可及性景观 总结 通过这四期文献集锦,我们全面地了解了ATAC-seq技术在植物研究中的广泛应用和重要价值。从基因组结构、生长发育调控、果实发育机制探索,到生物和非生物胁迫响应,ATAC-seq技术为我们揭示了植物基因组中...
ATAC-seq植物组织样本要求植物组织样本送样要求 1.样本制备 1)采集前用ddH20洗去组织表面泥土等杂质,吸干。 2)将组织装入事先做好标记的离心管中,立即液氮速冻2min,-80℃保存。 如没有液氮,也可以立即在干冰上放置15min,-80℃保存。 注:请同时在管盖和管壁上标记样品信息,并且标记清晰。 为避免管子在运输...
采用的是颉伟老师实验室 miniATAC-seq建库的protocol, 参考文献:Chromatin analysis in human early development reveals epigenetic transition during ZGA 其实步骤挺少的,我在建库的时候目前能够明确和保证的是 1、细胞活性好,而且是完整的, 2、采用的是去垢剂是 0.3% tritonx-100 冰上裂解10min ...
Deal课题组在Plant Cell杂志上发表植物ATAC-seq里程碑式的文章,开启了ATAC-seq技术在植物研究领域的应用。文中作者使用ATAC-seq技术系统研究拟南芥、水稻、苜蓿、番茄的根尖组织染色质开发区域,发现开放染色质区域位于转录起始位点上游3kb内,并且鉴定到4个关键转录因子在根尖中调控一系列保守基因的表达;最后作者比较了...
埃默里大学的RogerB.Deal课题组在PlantCell杂志上发表植物ATAC-seq里程 碑式的文章,开启了ATAC-seq技术在植物研究领域的应用。文中作者使用 ATAC-seq技术系统研究拟南芥、水稻、苜蓿、番茄的根尖组织染色质开发区域, 发现开放染色质区域位于转录起始位点上游3kb内,并且鉴定到4个关键转录因 ...