ATAC-seq技术在植物科学研究领域的应用日益广泛,为理解植物基因组的三维结构、染色质的开放性以及基因表达的调控机制提供了强有力的工具。通过上述文献集锦,我们可以看到ATAC-seq在不同植物物种中的应用涵盖了从模式植物到农作物,从园艺植物到药用植物的多个方面。这些研究不仅揭示了植物在不同生物学过程和环境条件下染色...
在基因组篇展示了ATAC-seq技术在解析植物基因组三维结构、染色质开放性以及基因表达调控机制方面的应用,为植物基因组研究提供了强有力的工具;生长发育篇通过多个案例分析,展示了ATAC-seq技术在揭示植物基因组中调控生长发育的关键区域方面的重要作用;果实发育篇进一步聚焦于ATAC-seq技术在解析果实发育过程中染色质可及性...
ATAC-seq在研究植物生长发育、组织分化和环境响应方面有着广泛的应用前景。今天的内容主要就是给大家介绍ATAC-seq在植物中应用的一些文献实例。别走开，正文马上就要开始啦！文献案例一 题目：ATAC-seq和RNA-seq联合揭示了AGL18在乙烯-生长素调节果实成熟中的作用期刊：Postharvest Biology and Technology发表时间：2022.5...
该技术因其能够提供全基因组范围内染色质状态的视图，广泛应用于表观遗传学、转录调控和细胞命运决定等领域。研究人员利用ATAC-seq深入理解基因表达的调控机制，以及在不同生物学条件或发育阶段下染色质状态的变化。随着技术的发展，ATAC-seq在植物学研究中被用于分析植物生长和发育过程中染色质开放性的变化。
ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq结果概述 对照组(CK)和在4℃下处理了24h(低温,LT)植物样本进行ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq,分别统计得到的clean reads数、Q20、Q30比例。qRT-PCR结果与RNA-seq数据一致,PCA分析表明样本重复性很高。 2 在转录和翻译水平上对寒冷响应 ...
为了更深入地理解小麦等双子叶植物的再生过程以及其分子机制，以期找到提高小麦转化效率的新基因，研究团队使用RNA-seq、ATAC-seq、CUT&Tag等多组学联合分析的方法，构建出小麦再生过程中的转录调控网络和表观遗传动态，发现了两个能显著提高小麦遗传转化效率的新基因。图1 文章信息·研究思路·研究团队选择最容易转化的...
诺禾致源ATAC-seq/mini ATAC-seq项目经验丰富,涵盖人、大小鼠、猪、鹅、马鹿、鸟类、昆虫类(如果蝇、飞蝗等)、水产/海产类(如扇贝、黄鳝、中华绒螯等)及植物(如油菜、水稻、杨树、拟南芥、苹果、葡萄等)等几十种物种;尤其针对植物果肉、果皮、胚轴等特殊组织部位积累了更丰富的样本处理经验;助力客户在Immunity、...
ATAC-seq技术是一种高通量测序技术,它可以直接测量基因组中开放性染色质区域的可及性情况。由于开放性染色质区域与基因转录活性密切相关,因此通过ATAC-seq技术可以有效地揭示植物基因组的调控机制。通过分析ATAC-seq测序数据,我们可以准确地鉴定出植物基因组中的转录因子结合位点、启动子区域和增强子等重要调控元件,进而揭...
(IM果:开花后14天;BR果:开花后28天;RS果:开花后35天)的'金铃子'果实进行了ATAC-seq分析,IM_vs_BR中的主要DARs位于6号染色体,影响与类胡萝卜素途径和植物激素信号转导相关的基因;BR_vs_RS中的主要DARs位于3号染色体,影响的基因有乙烯应答转录因子WRI1和ERF118及生长素应答因子ARF1,DARs中富含RAP2-3、ERF9...
Deal课题组在Plant Cell杂志上发表植物ATAC-seq里程碑式的文章,开启了ATAC-seq技术在植物研究领域的应用。文中作者使用ATAC-seq技术系统研究拟南芥、水稻、苜蓿、番茄的根尖组织染色质开发区域,发现开放染色质区域位于转录起始位点上游3kb内,并且鉴定到4个关键转录因子在根尖中调控一系列保守基因的表达;最后作者比较了...