ATAC-seq技术在植物科学研究领域的应用日益广泛,为理解植物基因组的三维结构、染色质的开放性以及基因表达的调控机制提供了强有力的工具。通过上述文献集锦,我们可以看到ATAC-seq在不同植物物种中的应用涵盖了从模式植物到农作物,从园艺植物到药用植物的多个方面。这些研究不仅揭示了植物在不同生物学过程和环境条件下染色...
总的来说,ATAC-seq技术在植物生长发育研究中发挥着重要作用,通过一系列案例分析,我们见证了这一技术如何揭示植物基因组中活跃的调控区域,以及这些区域如何与植物的生长发育紧密相连。这些研究成果不仅丰富了我们对植物生长发育分子机制的理解,也为未来的植物育种和改良工作提供了新的策略和方向。 爱基自荐 爱基百客拥有丰...
ATG，起始密码子；TAA，终止密码子；PFG，T-DNA插入载体；F和R、正向和反向基因组引物；（c）ZH11和OsNMCP1-OE植物在正常生长条件和苗期干旱胁迫处理下的表现；（d）野生型水稻Dongjing（DJ）或Huayoung（HY）（O.sativa ssp.japonica）以及osnmcp1-1和osnmcp1-2突变体系在正常生长条件和苗期干旱胁迫处理下的...
植物线粒体的氧化磷酸化参与呼吸适应过程,是植物对低温胁迫的代偿调节。茶树中氧化磷酸化相关基因也许被远程调控以适应低温。通过Fisher检验分析从MEME-AME获得的远端THSs motif富集数据,发现motifs主要富集在三个TF家族:9个ERF-、7个TCP-、6个WRKY-结合motifs,参与到了植物应激响应。综上,结果说明远距离转录调控可能在...
植物和真菌ATAC-seq技术难关 ATAC-seq技术操作步骤简单,细胞投入量少,适用范围广,是研究染色质可及性常用的实验手段。然而,该技术受到细胞核制备质量的限制,因此,获取背景干净的完整细胞核是关键前提。相较于动物细胞,植物与真菌细胞具有细胞壁结构,部分物种的细胞壁坚韧且成分复杂,剧烈的破壁方法可能会破坏细胞核完整...
为了更深入地理解小麦等双子叶植物的再生过程以及其分子机制，以期找到提高小麦转化效率的新基因，研究团队使用RNA-seq、ATAC-seq、CUT&Tag等多组学联合分析的方法，构建出小麦再生过程中的转录调控网络和表观遗传动态，发现了两个能显著提高小麦遗传转化效率的新基因。图1 文章信息·研究思路·研究团队选择最容易转化的...
为了更深入地理解小麦等双子叶植物的再生过程以及其分子机制,以期找到提高小麦转化效率的新基因,研究团队使用RNA-seq、ATAC-seq、CUT&Tag等多组学联合分析的方法,构建出小麦再生过程中的转录调控网络和表观遗传动态,发现了两个能显著提高小麦遗传转化效率的新基因。
为了证实这一假设,对用于ATAC-seq的相同植物样本进行了RNA-seq分析,以评估染色质的这些变化是否与相邻基因表达的变化有关。整合分析在正常和干旱条件下DAGs与上调DEGs的重叠部分,分别发现362和619个相同基因,占上调DEGs总数的49.93%和20.35%(图14a)。研究人员将这些基因定义为正常(N)和干旱(D)条件下的启动子可及性...
往期推文我们给大家介绍了《植物ATAC-seq文献集锦(一)——基因组篇》,本期我们聚焦ATAC-seq技术在植物生长发育方向的应用案例。 案例一:Systematic identification of wheat spike developmental regulators by integated multi-omics, transcriptional network, GWAS, and genetic analyes ...
诺禾致源ATAC-seq/mini ATAC-seq项目经验丰富,涵盖人、大小鼠、猪、鹅、马鹿、鸟类、昆虫类(如果蝇、飞蝗等)、水产/海产类(如扇贝、黄鳝、中华绒螯等)及植物(如油菜、水稻、杨树、拟南芥、苹果、葡萄等)等几十种物种;尤其针对植物果肉、果皮、胚轴等特殊组织部位积累了更丰富的样本处理经验;助力客户在Immunity、...