研究技术:ATAC-seq、RNA-seq、亚细胞定位、Y1H、双荧光素酶报告基因实验、ChIP-qPCR、EMSA 主要内容: 本文通过ATAC-seq和RNA-seq技术手段,研究了木瓜成熟过程中染色质可及性和基因表达的变化,特别关注了乙烯和生长素信号途径之间的相互作用。研究揭示了转录因子CpAGL18在木瓜成熟过程中的关键作用,该因子通过整合乙烯...
通过这四期文献集锦,我们全面地了解了ATAC-seq技术在植物研究中的广泛应用和重要价值。从基因组结构、生长发育调控、果实发育机制探索,到生物和非生物胁迫响应,ATAC-seq技术为我们揭示了植物基因组中活跃调控区域的神秘面纱,并阐释了这些区域如何与植物的各种生物学过程紧密相连。 在基因组篇展示了ATAC-seq技术在解析植...
总的来说,ATAC-seq技术在植物生长发育研究中发挥着重要作用,通过一系列案例分析,我们见证了这一技术如何揭示植物基因组中活跃的调控区域,以及这些区域如何与植物的生长发育紧密相连。这些研究成果不仅丰富了我们对植物生长发育分子机制的理解,也为未来的植物育种和改良工作提供了新的策略和方向。 爱基自荐 爱基百客拥有丰...
为了更深入地理解小麦等双子叶植物的再生过程以及其分子机制，以期找到提高小麦转化效率的新基因，研究团队使用RNA-seq、ATAC-seq、CUT&Tag等多组学联合分析的方法，构建出小麦再生过程中的转录调控网络和表观遗传动态，发现了两个能显著提高小麦遗传转化效率的新基因。图1 文章信息·研究思路·研究团队选择最容易转化的...
植物ATAC-seq文献集锦(二)——生长发育篇 植物ATAC-seq文献集锦(一)——基因组篇 整合ATAC-seq和RNA-seq鉴定水稻病毒感染转录因子 基因家族分析+ATAC-seq如何擦出火花?看这篇就够了 CUT&Tag与ATAC-seq联手,解析表观遗传机制 精选合集,欢迎收藏哟! 项目文章集锦 ChIP专题 DAP-seq专题 ATAC-seq专题 单细胞测序专...
翻译效率TE(FPKMribo-seq/FPKMRNA-seq)是RNA利用效率的关键指标。作者接着分析了植物如何通过改变TE响应低温胁迫。LT样本的TE中值低于CK样本,表明低温胁迫也会抑制茶树的TE。2287个基因TE增加,2686个基因TE减少。CK和LT样本的TE与转录水平相关性分别是-0.38和-0.37。结果表明基因表达水平增加,TE持续下降。说明TE的改...
ATAC-seq技术的优势包括新鲜组织/细胞文库的快速交付、针对新鲜样本的运输方案、项目经验丰富、完善的分析流程、发表高水平文章的记录、以及提供从实验设计到数据分析和验证的一站式服务。实测数据显示，ATAC-seq技术在提高基因组研究的深度和广度方面具有显著的优势，未来在植物科学研究中将发挥更加重要的作用。
这篇文章中其他实验都相对完整，但ATAC-seq和RNA-seq联合分析让文章提升了一个层次，非常值得想发高分文章的老师学习哦！想看组学实验结果可以直接跳到结果4哦！研究背景：动物体内的核纤层蛋白参与重要的核功能，包括染色质组织、信号转导、基因调控和细胞分化。核组成蛋白（NMCPs）是植物中核纤层蛋白的类似物，但其...
为了更深入地理解小麦等双子叶植物的再生过程以及其分子机制,以期找到提高小麦转化效率的新基因,研究团队使用RNA-seq、ATAC-seq、CUT&Tag等多组学联合分析的方法,构建出小麦再生过程中的转录调控网络和表观遗传动态,发现了两个能显著提高小麦遗传转化效率的新基因。
ATAC-seq技术是一种高通量测序技术,它可以直接测量基因组中开放性染色质区域的可及性情况。由于开放性染色质区域与基因转录活性密切相关,因此通过ATAC-seq技术可以有效地揭示植物基因组的调控机制。通过分析ATAC-seq测序数据,我们可以准确地鉴定出植物基因组中的转录因子结合位点、启动子区域和增强子等重要调控元件,进而揭...