整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析 筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异peak关联基因的功能分析、差异peak关联基因的PPI分析、感...
ChIP-seq是基于抗体的免疫沉淀实验,因此它的数据质量好坏直接取决于抗体的质量和特异性。 另外,针对同一蛋白的不同抗体,可能会识别不同的表位(尤其是单克隆抗体)。因此建议针对同一感兴趣蛋白测试不同的抗体,通过Western blot检测knock-down前后的差异帮助选择。 (2)测序数据量 为了捕获所有真实的结合位点,而我们看不...
CHIP-seq研究的数据挖掘思路主要分为3步: ■ 整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析。 ■ 筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异p...
ChIP-seq是基于抗体的免疫沉淀实验,因此它的数据质量好坏直接取决于抗体的质量和特异性。 另外,针对同一蛋白的不同抗体,可能会识别不同的表位(尤其是单克隆抗体)。因此建议针对同一感兴趣蛋白测试不同的抗体,通过Western blot检测knock-down前后的差异帮助选择。 (2) 测序数据量 为了捕获所有真实的结合位点,而我们...
本节展示了ChIP-seq数据的质量: 比对情况 测序深度 组内重复性 peaks数量、长度分布 peaks中reads的数量百分比 ... 2.3. Reads 在全基因组的可视化分布 使用IGV 软件对 Reads 进行可视化查看,可以查看全基因组任何感兴趣位置的 reads 富集情况,示例如下: IGV 的安装使用参考: http://software.broadinstitute.org/...
染色质免疫共沉淀-测序(ChIP-Seq)技术 及数据分析方法介绍 薇 1 ,刘若水 2 杨 (1.国家电网许继集团,河南许昌461000;2.京豫信息中心,北京100021) 摘要:对ChIP-Seq技术的实验原理进行了介绍,而且对ChIP-Seq数据分析过程的每一个步骤都进行了详细的
HiSeqPE150测序 转录因子测序数据量:3Gbcleandata 组蛋白修饰测序数据量:6Gbcleandata 60个工作日 建库方法技术流程 ChIP测序 2 康测科技技术优势 (1)优化的ChIP实验体系,ChIP建库起始量低至1~30ngDNA; (2)专攻IP(ChIP、RIP、CLIP)的博硕团队,拥有十年丰富的项目经验积累; ...
染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)是继ChIP-chip之后,蛋白/核酸相互作用研究领域的又一技术突破。高质量、高通量、低成本的数据产出,为表观遗传组学研究提供了一套全新高效的技术工具。 染色质免疫共沉淀测序应用领域: 组蛋白修饰,转录因子,RNA polymerase II,转录因子等。 上图:染色质免疫共沉淀技术已应用于...
ChIP与下一代高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术具有成本低、效率高、检测的灵敏度和覆盖度高等优势,已经成为这一领域的首选技术。 它的基本原理如图所示:在生理状态下,把细胞内的DNA与蛋白质交联(Crosslink)后裂解细胞,分离染色体,通过超声或酶处理将染色质随机切割,利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相...
T0715 染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq) 15-20个工作日 1955 2070 2300 ChIP-Seq测序,PE150,5-6Gb数据(约30-40M Reads),不含样品制备 原始数据(序列文件*.fastq) T0716 ChIP-Seq基础分析 5-10个工作日 680 720 800 提供ChIP-Seq的基础分析,和T0715联合提供,不单独提供服务 分析报告 T0730 高级分析与个...