fastq-dump是sratoolkit中的一个工具,用于将SRA格式的数据转换为FASTQ格式。基本用法如下: bash fastq-dump --split-files --gzip SRR_accession_number 其中,--split-files选项用于将双端测序数据拆分为两个文件(如果适用),--gzip选项用于输出gzip压缩的文件。
而10x上游使用Cellranger软件需要3个fastq文件...(参见生信技能树 单细胞实战(二) cell ranger使用前注意事项 ) 没办法,只能继续先下载SRA文件,再用fasterq-dump(--split-files --include-technical 参数)或fastq-dump、 parallel-fastq-dump(--split-files参数)转成三个fastq文件。(如果有更好办法,欢迎评论区留...
cat sra.ids|sed 's/SRR/fastq-dump --split-files SRR/'|bash 三、根据项目编号下载整个项目的fastq文件 到NCBI下载runinfo信息(更简单的方法是使用通过EDirect获取runinfo,但是发现这个安装总是不成功,所以用笨方法) 导出后的runinfo信息,放到服务器中, 获取所有样本的SRR号 ...
fasterq-dump的用法和fastq-dump一样,如下所示 fasterq-dump--split-3SRR5318040.sra-t/mnt/d/temp-e24;###-t 是临时文件夹位置,-e24是24线程 此外还有建立了GitHub Wiki提供使用教程,参见https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-fasterq-dump。 重点参数是-e|threads, 用于选择使用多少线程进行运行...
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在 SRA 里搜索，得到这些样本的SRR号，然后用 prefectch 或者fasterq-dump工具就能下载Download SRA ...
# 3.1.批量将SRA文件转换fastq文件 ls -d SRR* | while read id;do ( nohup fasterq-dump -O ./ --split-files -e 2 ./$id --include-technical & );done # 3.2.批量将fastq文件压缩成fastq.gz文件 ls *fastq |while read id;do (nohup gzip $id &);done 注: 3.1中“ls”命令后需要添加“...
子目录路径dir_path=os.path.join(root,dir_name)# 查找 SRA 文件forfileinos.listdir(dir_path):iffile.endswith(".sra"):sra_file_path=os.path.join(dir_path,file)# 使用 fasterq-dump 转换 SRA 文件为 FASTQ 格式# 输出文件将存储在相同的子目录下,并设置线程数cmd=f"fasterq-dump --threads{...
sra转化为fastq文件可以使用sratoolkit中的fastq-dump命令。 fastq-dump --split-3 filename其中--split-3参数代表着如果是单端测序就生成一个 、.fastq文件,如果是双端测序就生成_1.fastq 和*_2.fastq 文件。 进入到sra文件中我们可以用下述代码进行批量的格式转化:...
其转化依赖于fasterq-dump或fastq-dump,因此安装前注意要下载sra-tools:conda install -c bioconda sra-tools 还要注意其他依赖条件有python3环境、sra-tools版本大于2.9、pigz和wget 1 下载安装 conda安装: conda install grabseqs-c louiejtaylor-c bioconda-c conda-forge ...