fastq-dump是sratoolkit中的一个工具,用于将SRA格式的数据转换为FASTQ格式。基本用法如下: bash fastq-dump --split-files --gzip SRR_accession_number 其中,--split-files选项用于将双端测序数据拆分为两个文件(如果适用),--gzip选项用于输出gzip压缩的文件。
fastq-dump --gzip --split-3 -o ./ /SRR1039508.sra 便开始生成SRR1039508_1.fastq.gz文件。 1.2 直接wget 这是一个研究对象为拟南芥的文章,所有的fastq数据存放于此, ID为E-MTAB-5130。 先获取.txt文件,再提取出URL,wget下载。 wget http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/files/E-MTAB-5130/E-MTAB-51...
fastq-dump--split-filesSRR6232298.sra SRR6232298.sra是一个PE测序结果,所以,需要--split-files参数可以将其分解为两个fastq文件。 如果不加该参数,则只有1个fastq文件(包含了两端测序的结果) ###二.批量拆解sra文件 ###1. 新建脚本文件nano fqdump.sh ###2. 输入以下脚本#!/bin/sh for i in *sra d...
接着上一步,通过sra下载的数据时sra格式,我们需要转换为fastq格式,如果直接通过ascp下载的可以直接得到fastq文件。使用sratoolkit中的fastq-dump即可得到fastq文件。 首先看一个文件如何操作fastq-dump --split…
1.fastq-dump将sra数据转换成fastq格式 # 需要将作业2(http://www.jianshu.com/p/da377252ee96)中下载的测序数据用工具sratoolkit转换成fastq的格式。$for((i=56;i<=62;i++));dofastq-dump--gzip--split-3-A~/disk2/sra/SRR35899$i.sra-O~/disk2/data/rna-seq;done ...
fastq-dump是SRAtoolkit中使用频率很高的命令,用于从SRA文件中拆解提取fastq文件。...具体用法如下: Usage: fastq-dump [options] [...]...fastq-dump [options] Use option --help for more informat...
而10x上游使用Cellranger软件需要3个fastq文件...(参见生信技能树 单细胞实战(二) cell ranger使用前注意事项 ) 没办法,只能继续先下载SRA文件,再用fasterq-dump(--split-files --include-technical 参数)或fastq-dump、 parallel-fastq-dump(--split-files参数)转成三个fastq文件。(如果有更好办法,欢迎评论区留...
最近版本的fastq-dump默认参数应该就会拆分，具体什么原因很难说。建议使用ascp直接从ENA下载fastq。RNA-...
下载SRA Toolkit后，解压并将其添加到PATH环境变量中。使用prefetch命令下载SRR文件，如SRR453191，然后用fastq-dump工具将.sra文件转换为fastq文件，单端或双端测序数据处理方式不同。接下来，利用bwa进行比对，先对reference文件进行索引，然后将reads装配到reference，生成sam文件。samtools用于将sam转换为BAM...
首先，从FASTQ文件的获取开始。如果你自行测序，FASTQ文件会直接提供；若用于学习，可以从NCBI的SRA库下载。SRA库存储测序后的reads数据，可通过wget下载少量数据，或使用SRA Toolkit批量下载。安装SRA Toolkit后，通过`prefetch`命令下载SRR文件，如`$prefetch SRR453191`。接着，利用`fastq-dump`将.sra文件...