下面的fasterq-dump是新款。 2、 fasterq-dump 也是sra-tools提供: 参考文章:fasterq-dump使用介绍 使用差不多,参数上多了-e,后面加上想使用的线程数。 示例: fasterq-dump -p -e 24 --split-3 -O ${outdirectory} SRR1234567.sra -p可以显示进程 -e 24使用24个线程 另外fasterq-dump不能使用压缩命令。
在使用NCBI 工具fastq-dump拆分SRA文件时,拆分速度慢, fastq-dump拆分参数说明: --split-spot: 将双端测序分为两份,存放在同一个文件中 --split-files: 将双端测序分为两份,存放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads直接丢弃 --split-3 : 将双端测序分为两份,存放在不同的文件,但是对于一方...
--read-filter "pass" #去除全是N的reads --stout #直接把结果输出到屏幕上 别忘了加最后一个参数,就是数据名称 SRRxxxxxxxxxx 经典的代码是 fastq-dump --outdir file_name --gzip --skip-technical --readids --read-filter pass --dumpbase --split-files --clip SRR_ID 参考自https://edwards.sd...
虽然fastq-dump参数很多,而且一直被吐槽参数说明写的太差,但是如果真的要用起来其实也就是一行代码fastq-dump --gzip --split-3 --defline-qual '+' --defline-seq '@ac−si/$ri' SRRXXXXX| SRRXXXX.sra# 加上--gzip后需要时间进行文件压缩当然除了参数问题,还有一个让人诟病的地方就是他只能单个线程,...
fastq-dump 转.sra 到 fastq 文件实在是太慢了,尤其是串行跑多个文件,简直慢得想让人翻白眼。Tazro Inutano Ohta 在 GitHub上发布了 fastq-dump 的并行版工具 ——pfastq-dump,能用参数 threads 设置并行核数,…
最近版本的fastq-dump默认参数应该就会拆分，具体什么原因很难说。建议使用ascp直接从ENA下载fastq。RNA-...