fastq-dump用法 默认情况下fastq-dump不对reads进行拆分, 对于很早之前的单端测序没有出现问题.但是对于双端测序而言,就会把原本的两条reads合并成一个,后续分析必然会出错. 常见的参数有三类: 1.--split-spot: 将双端测序分为两份,但是都放在同一个文件中 2.--split-files: 将双端测序分为两份,放在不同的...
--origfmt # 显示原始格式,便于追踪来源,同时可以显示长度信息 --dumpbase # 确保输出的是A, T, C, G (对于SOLiD测序会输出颜色,其他这个参数是默认的) --offset <interger> # 对早期的数据进行转化 (默认是33,不要乱改) --minSpotId <interger> # 输出从minSpotId到maxSpotId的reads,一个spot可能包含...
1. github下载 git clone https://github.com/inutano/pfastq-dumpcdpfastq-dump/ chmod a+x pfastq-dump /pfastq-dump/bin/pfastq-dump -h pfastq-dump用法 2. 单端数据拆分 对prefetch命令下载.sra数据进行拆分。 # SRA数据下载,提前安装好prefetchnohup prefetch SRR3498212&/pfastq-dump/bin/pfastq-dum...
time fastq-dump --split-3 -OtestSRR5318040.sra# 558.76s user 41.36s system 101% cpu 9:51.82 totaltime fasterq-dump --split-3 ./SRR5318040 -e 20 -o SRR5318040# 582.70s user 121.06s system 1130% cpu 1:02.25 total 从用户模式(user mode)来看, 两者的总CPU使用时间都差不多是560秒,从内...
git clone https://github.com/inutano/pfastq-dump cd pfastq-dump chmod a+x bin/pfastq-dump export PATH=$PATH:/home/user/pfastq-dump/bin 参数详解: -t|--threads number of threads/线程数 -s|--sra-id SRA id/.sra文件名 -O|--outdir output directory/输出目录 --tmpdir temporary directo...
fastq-dump是SRAtoolkit中使用频率很高的命令,用于从SRA文件中拆解提取fastq文件。具体用法如下: 一. 拆解一个sra文件 SRR6232298.sr...
fastq-dump是sratoolkit中的一个工具,用于将SRA格式的数据转换为FASTQ格式。基本用法如下: bash fastq-dump --split-files --gzip SRR_accession_number 其中,--split-files选项用于将双端测序数据拆分为两个文件(如果适用),--gzip选项用于输出gzip压缩的文件。
$ fasterq_dump SRR3359557-SRR3359559 which will result in a corresponding set of paired FASTQ files: -rw-r--r-- 1 glarue glarue 17M Jul 4 13:53 SRR3359557_1.fastq -rw-r--r-- 1 glarue glarue 17M Jul 4 13:53 SRR3359557_2.fastq -rw-r--r-- 1 glarue glarue 5.1M Jul 4 ...
可以先用fastq-dump -h看一下帮助文件,分为如下几个部分: 输入: -A|—accession 序列号 处理中: Read Splitting, Full Spot Filters, Common Filters, Filters based on alignments, Filters for individual reads。 基本都是些过滤参数。不太常用 输出: -O|—outdir 输出文件夹, -Z|—stdout 输出到标准输出...