--stout #直接把结果输出到屏幕上 别忘了加最后一个参数,就是数据名称 SRRxxxxxxxxxx 经典的代码是 fastq-dump --outdir file_name --gzip --skip-technical --readids --read-filter pass --dumpbase --split-files --clip SRR_ID 参考自https://edwards.sdsu.edu/research/fastq-dump...
fastq-dump --split-3 filename其中--split-3参数代表着如果是单端测序就生成一个 、.fastq文件,如果是双端测序就生成_1.fastq 和*_2.fastq 文件。 进入到sra文件中我们可以用下述代码进行批量的格式转化: for i in *sra do echo $i fastq-dump --split-3 $i ...
time fastq-dump--split-files-O~/tmpSRR1039510.sra real 2m4.557s user 1m40.961s sys 0m9.731s 代码语言:javascript 复制 time fasterq-dump-e16--split-files-O~/SRR1039510.sra real 1m4.481s user 1m30.515s sys 0m18.706s 可以看到,fasterq实际运行时间是1m4s,fastq是2m4s,确实快了不少,不过好像...
$ time~/tool/bbmap/filterbyname.shin=raw.fastq out=raw.ext.fq names=id.name include=t 这里很多参数的意义都很明了,include=t是提取id.name中的序列,include=f是提取非id.name中的序列,这里我们应该用t。filterbyname.sh还可以操作双端fastq,具体的可以用-h查看参数,作者写的很清楚呢。 运行时间: 代码...