--stout #直接把结果输出到屏幕上 别忘了加最后一个参数,就是数据名称 SRRxxxxxxxxxx 经典的代码是 fastq-dump --outdir file_name --gzip --skip-technical --readids --read-filter pass --dumpbase --split-files --clip SRR_ID 参考自https://edwards.sdsu.edu/research/fastq-dump...
$ time~/tool/bbmap/filterbyname.shin=raw.fastq out=raw.ext.fq names=id.name include=t 这里很多参数的意义都很明了,include=t是提取id.name中的序列,include=f是提取非id.name中的序列,这里我们应该用t。filterbyname.sh还可以操作双端fastq,具体的可以用-h查看参数,作者写的很清楚呢。 运行时间: 代码...
java-jar./trimmomatic-0.39.jarPE-phred33-trimlog seq.log-threads4seq1.fq.gz seq2.fq.gz seq1.clean.fq.gz seq1.unpaired.fq.gz seq2.clean.fq.gz seq2.unpaired.fq.gzILLUMINACLIP:./adapters/TruSeq3-PE.fa:2:30:10SLIDINGWINDOW:5:20LEADING:5TRAILING:5MINLEN:50 参数介绍: PE:过滤双端测序...