fastq-dump /path/to/###.sra trinity的建议命令 在无参组装时,使用trinity软件在使用以上默认命令后报错会提示使用以下的命令: fastq-dump --defline-seq '@sn[_sn[_rn]/$ri' --split-files file.sra 根据洲更学长的文章,把--split-files改成--split-3会更好一些(具体区别请移步学长的简书文章,链接...
使用到的命令是 parallel-fastq-dump --threads 12 --outdir ./ --split-files -s SRR5187763.sra -T tmp/ 如果sra文件已经下载好了,-s参数后指定的内容就是文件名,如果没有下载就指定 SRR5187763 不带后缀名sra 文件下载好以后转换起来还是相当快的 大家如果遇到这个问题也可以试试这个替代方案 欢迎大家关...
2、使用tar命令解压缩文件 tar zvxf ~/Seqs/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz -C ~/Biosofts 3、测试安装是否成功 ~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump -h 4、将sratoolkit安装文件路径加入环境变量 echo 'export PATH=~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin:$PATH' >> ~/.bash...
fastq-dump --defline-seq '@$sn[_$rn]/$ri' --split-files file.sra 根据洲更学长的文章,把--split-files改成--split-3会更好一些(具体区别请移步学长的简书文章,链接在上方)。 故最后得到命令是这样的: 日常命令 fastq-dump --defline-seq '@$sn[_$rn]/$ri' --split-3 file.sra -o ../...
需要把fastq-dump这个命令添加到环境变量 使用到的命令是 parallel-fastq-dump --threads 12 --outdir ./ --split-files -s SRR5187763.sra -T tmp/ 1. 如果sra文件已经下载好了,-s参数后指定的内容就是文件名,如果没有下载就指定SRR5187763不带后缀名sra ...
github链接 https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump 需要把fastq-dump这个命令添加到环境变量 使用到的命令是 代码语言:javascript 复制 parallel-fastq-dump--threads12--outdir./--split-files-sSRR5187763.sra-Ttmp/ 如果sra文件已经下载好了,-s参数后指定的内容就是文件名,如果没有下载就指定SRR518...
github链接https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump 需要把fastq-dump这个命令添加到环境变量 使用到的命令是 parallel-fastq-dump--threads12--outdir./--split-files-sSRR5187763.sra-T tmp/ 如果sra文件已经下载好了,-s参数后指定的内容就是文件名,如果没有下载就指定SRR5187763不带后缀名sra ...