@文心快码BaiduComatefastq-dump 批量 文心快码BaiduComate关于fastq-dump的批量操作,你可以按照以下步骤进行。这些步骤将帮助你高效地处理多个SRA数据库编号,并将它们转换为FASTQ格式的文件。 1. 了解fastq-dump命令的基本用法 fastq-dump是sratoolkit中的一个工具,用于将SRA格式的数据转换为FASTQ格式。基本用法如下:...
之前写过一篇文章Fastq-dump: 一个神奇的软件, 详细介绍了fastq-dump的用法。 虽然fastq-dump参数很多,而且一直被吐槽参数说明写的太差,但是如果真的要用起来其实也就是一行代码 fastq-dump --gzip --split-3 --defline-qual '+' --defline-seq '@$ac-$si/$ri' SRRXXXXX| SRRXXXX.sra # 加上--gzip...
二.批量拆解sra文件 1. 新建脚本文件 nano fqdump.sh 2. 输入以下脚本 #!/bin/sh for i in *sra do echo $i fastq-dump --gzip --split-files $i done Ctrl+O; Ctrl+X保存退出。 **这里--gzip参数是为了生成压缩的gz格式fastq文件,以节省磁盘空间 ...
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现在知道了，原来是作者上传的时候，上传的是bam文件，要先SRA转bam，再用cellranger转fastq。也遇到这个...
如果不加该参数,则只有1个fastq文件(包含了两端测序的结果) ###二.批量拆解sra文件 ###1. 新建脚本文件nano fqdump.sh ###2. 输入以下脚本#!/bin/sh for i in *sra do echo $i fastq-dump --gzip --split-files $i done Ctrl+O; Ctrl+X保存退出。 **这里--gzip参数是为了生成压缩的gz格式fast...
RNA-Seq数据用aspera高效批量下载（万事开头难）mp.weixin.qq.com/s/zfQY2fzaowcsWl9sPkKR3g 限...
2018-08-23 21:03 −转:https://shengxin.ren/article/16 https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html 批量下载SRA http://www.360doc.com/content/18/0428/15/48272598_749... luxliy 0 26403 NCBI下载sra数据(新) 2017-08-14 10:52 − 今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接,...
现在知道了，原来是作者上传的时候，上传的是bam文件，要先SRA转bam，再用cellranger转fastq。也遇到这个...