fastq-dump是sratoolkit中的一个工具,用于将SRA格式的数据转换为FASTQ格式。基本用法如下: bash fastq-dump --split-files --gzip SRR_accession_number 其中,--split-files选项用于将双端测序数据拆分为两个文件(如果适用),--gzip选项用于输出gzip压缩的文件。
---单个文件转换 fastq-dump --gzip--split-3-O outputdir -A file1.sra ---多个文件批量转换 #1、编写一个脚本 sra_to_fq.shforIin`seq5662`dofastq-dump --gzip–split-3-O ./fastq/ -A SRR35899${I}.sradone #--split-3:如果是双端测序数据,则输出两个文件,如果不是则只输出一个文件 #-...
fastq-dump --gzip --split-3 -X 25000 -O ${fqdir} SRR1039510 #批量转换,将样本名写成文件——sample.ID,echo是打印命令,while循环的意义是生成脚本 cat sample.ID | while read id do echo "fastq-dump --gzip --split-3 -X 25000 -O ${fqdir} ${id} done >sra2fq.sh # 提交后台运行命令...
接着上一步,通过sra下载的数据时sra格式,我们需要转换为fastq格式,如果直接通过ascp下载的可以直接得到fastq文件。使用sratoolkit中的fastq-dump即可得到fastq文件。 首先看一个文件如何操作 fastq-dump --split-3 SRR5282602.sra ## --split-3 代表如果单端文件就会生成一个fatq文件,如果是双端就是生成两个fastq文...
sra转化为fastq文件可以使用sratoolkit中的fastq-dump命令。 fastq-dump --split-3 filename其中--split-3参数代表着如果是单端测序就生成一个 、.fastq文件,如果是双端测序就生成_1.fastq 和*_2.fastq 文件。 进入到sra文件中我们可以用下述代码进行批量的格式转化:...
fastq-dump--split-filesSRR6232298.sra SRR6232298.sra是一个PE测序结果,所以,需要--split-files参数可以将其分解为两个fastq文件。 如果不加该参数,则只有1个fastq文件(包含了两端测序的结果) ###二.批量拆解sra文件 ###1. 新建脚本文件nano fqdump.sh ###2. 输入以下脚本#!/bin/sh for i in *sra ...
fastq-dump是SRAtoolkit中使用频率很高的命令,用于从SRA文件中拆解提取fastq文件。...具体用法如下: Usage: fastq-dump [options] [...]...fastq-dump [options] Use option --help for more informat...
首先，从FASTQ文件的获取开始。如果你自行测序，FASTQ文件会直接提供；若用于学习，可以从NCBI的SRA库下载。SRA库存储测序后的reads数据，可通过wget下载少量数据，或使用SRA Toolkit批量下载。安装SRA Toolkit后，通过`prefetch`命令下载SRR文件，如`$prefetch SRR453191`。接着，利用`fastq-dump`将.sra文件...
2018-09-04 10:22 −> NCBI上下载的原始数据为SRA数据,而适用于大部分生物软件的是fastq格式,所以我们需要将sra格式的原始数据转为fastq格式。NCBI提供了数据转换的软件fastq-dump。 ### 1、下载软件 ```shell wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih... ...
也就是说,如果是用的ENA源 直接下载的就是fastq,如果用的SRA或其他,那就是下载SRA数据 然后kingfisher再自动调用fasterq-dump转换成fastq SRA格式转换成fastq格式,调用fasterq-dump kingfisher extract --sra SRR1574780.sra -t 20 -f fastq.gz#-f,指定转换输出的文件格式,支持fastq,fastq.gz,fasta,fasta.gz#-...