这是可能的,因为fastq-dump具有选项( -N和-X )来查询fastq-dump文件的特定范围,此工具的工作方式是将工作划分为请求的线程数,并行运行多个fastq-dump并连接结果返回一起,就好像您刚刚执行了普通的fastq-dump调用一样。 提示 使用fastq-dump下载很慢,即使有多个线程,也建议在使用fastq-dump之前使用prefetch来下载目标...
time ( fasterq-dump -e 12 -O ./ --split-files --include-technical SRR7722937.sra ; pigz -p 12 *fastq) ③ parallel-fastq-dump(--gzip) 用时:4m2s(处理10x数据的参数与fastq-dump一致,仅用--split-files即可) time ( parallel-fastq-dump -t 12 -O ./ --split-files --gzip -s SRR772293...
(处理10x数据的参数与fastq-dump一致,仅用--split-files即可) time(parallel-fastq-dump-t12-O./--split-files--gzip-sSRR7722937.sra) 通过以上测试,可以看到parallel-fastq-dump是处理SRA文件最为快速的!!! 在本例中,调用12线程,parallel-fastq-dump处理SRA文件比fasterq-dump+pigz快2-3倍, 比fastq-dump快8...
解决:一开始使用的是fastq-dump将SRA转换成fastq格式,但是遇到一个问题,那就是太慢了。有个它的升级版parallel-fastq-dump, 用了之后瞬间爱上,速度不是一个档次。 软件安装 推荐使用conda conda install parallel-fastq-dump 会自动下载依赖的包如:sra-tools 使用很简单 $ parallel-fastq-dump --sra-id SRR2244...
fastq-dump（gzip模式）：耗时8m35sfasterq-dump：无--gzip选项，结合多线程压缩工具pigz，耗时2m14sparallel-fastq-dump（gzip模式）：耗时1m1s接着，测试2.6GB的10X测序SRA文件：fastq-dump（gzip）：耗时38m23sfasterq-dump + pigz：耗时11m12sparallel-fastq-dump（gzip）：耗时4m2s由此可见，parallel...
parallel-fastq-dump是一个大坑 用conda安装时它并没有注明是依赖于python3.6 但它会把anaconda默认python版本为3.6,无论是3.7还是2.7 且它不管以你是自己的环境还是公共的环境,都会升级 你不得不重装anaconda
parallel-fastq-dump setup.py README MIT license parallel-fastq-dump parallelfastq-dumpwrapper Why & How NCBIfastq-dumpcan be very slow sometimes, even if you have the resources (network, IO, CPU) to go faster, even if you already downloaded the sra file (see the protip below). This tool...
fastq-dump sra-stat Usage Basic usage: $ pfastq-dump -t <number of threads> [options] <path to .sra file> [<path> ...] It is strongly recommended here as well that the.sradata should be downloaded via aspera-connect/ftp/prefetch command, not by fastq-dump. ...
parallel-fastq-dump是一个大坑 2019-02-22 12:30 −... 记号晴 0 945 parallel关键字 2019-12-04 15:42 −parallel关键字 功能:为sql开启并行模式 优势:强制启动并行进程、分配任务与系统资源、合并结果集。大大缩短计算时间。在大表查询等操作中能够起到良好的效果。在ODS系统中报表统计等方面更有使用意...