scRNA-seq 非常适合研究细胞群的异质性。例如,识别组织的细胞类型,定义不同细胞类型的"转录指纹",研究细胞分化,探索疾病或环境因素导致的细胞组成变化等。 单细胞测序的经典流程:分离单细胞(核),将RNA转换为cDNA,准备测序文库(illumina)后测序。 SMART-seq2是一种低通量单细胞测序法,提供全长转录组的定量,适合研究...
多重退火和基于dC尾的定量单细胞RNA测序(MATQ-seq),通过提高逆转录效率和随后PCR扩增子的产生来增加RNA-seq的灵敏度。作为一种补充方法,微生物分裂池连接转录组(microSPLiT)和原核表达(通过原位标记RNA和测序(PETRIseq))建立在基于组合索引的scRNA-seq方案的基础上,以同时分析数千种细菌。 由于主要病原体可以在细...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)技术的快速发展让人们更直观的认识了组织中细胞的种类、细胞的不同状态。但是,scRNA对细胞悬液的细胞活性、细胞数目和细胞形态有一些要求,以致冷冻样本(如脑组织、肿瘤组织等)以及细胞体积较大,形状不规则的样本等无法直接通过scRNA测序来分析。单细胞核转录组测序技术(Single Nuclei RNA S...
scRNA-seq本质上就是转录组,研究的目标分子是带ployA尾巴的 RNA。 因此,并非必须要有参考基因,只要有质量足够好的参考转录本就可以了。 image.png 10X scRNA-seq可以检测哪些类型的RNA (1) mRNA 由于真核生物mRNA都有ployA结构,所以理论上mRNA就是10x scRNA-seq主要的检测目标。当然,由于只是扩增mRNA3’端或者...
(1)scRNA-seq:从14例BC患者中取原发肿瘤病变及周围正常组织进行单细胞转录组测序,质控后获得124587个高质量细胞。 (2)bulk RNA-seq:公共数据库中BC队列(GSE7390, GSE58812)数据。 研究结果 1.单细胞转录组识别乳腺癌的肿瘤微环境 对单细胞数据进行无监督聚类,鉴定出7个细胞类型,细胞频率分析发现这些细胞类型在...
在scRNA-seq数据中注释细胞的一般工作流程有三个主要步骤：自动注释、手动注释和验证。首先，自动注释使用预定义的一组“标记基因”（即在已知细胞类型中特异性表达的基因）或参考单细胞数据（现有的专业注释的单细胞图谱），通过将单个细胞或细胞簇的基因表达模式（特征）与已知细胞类型的基因表达方式（特征）相匹配来...
近几十年来,越来越多的研究使用RNA-seq数据探索了肺癌的潜在预后标志物,并提高了我们对肿瘤发生和进展的理解,但这些预后特征是基于RNA-seq数据,它无法检测肿瘤样本中确切的细胞和分子变化。单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够在单细胞水...
单细胞转录组测序（scRNA-seq）在单个细胞水平上构建每个细胞的基因表达谱，反映细胞异质性，但是成本较高，测序深度较低；而BulkRNA-seq虽然掩盖了部分细胞表达特征，但是成本较低，技术成熟、通量高。所以，两个组学虽然同为转录组学研究，但是在样本解析和数据分析层面存在差异，并且具有很强的互补性。因此，Bulk ...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)研究揭示了山羊、小鼠和人类颗粒细胞和鞘细胞的异质性。然而关于关键发育事件、颗粒细胞异质性、功能注释和复杂的体细胞-卵母细胞相互通讯的基本问题在单细胞分辨率水平上仍未得到充分解决。此外不同类型颗粒细胞之间的通讯变化研究仍然有限,尤其是在家畜研究中。猪作为重要家畜和研究人类生殖...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)研究揭示了山羊、小鼠和人类颗粒细胞和鞘细胞的异质性。然而关于关键发育事件、颗粒细胞异质性、功能注释和复杂的体细胞-卵母细胞相互通讯的基本问题在单细胞分辨率水平上仍未得到充分解决。此外不同类型颗粒细胞之间的通讯变化研究仍然有限,尤其是在家畜研究中。猪作为重要家畜和研究人类生殖...