单细胞 RNA 测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是一种在单细胞水平上利用 RNA 测序对特细胞群体进行基因表达谱定量的高通量实验技术。待测组织经过单细胞分离、RNA 提取、逆转录、文库构建和测序,便可利用数据分析获得多个细胞的基因表达谱。 1.单细胞测序与普通转录组测序的区别 普通转录组使用细胞混合物...
1. 单细胞转录组测序概要 单细胞测序技术(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是指在单个细胞水平上,对基因组、转录组、表观组等遗传信息进行高通量测序分析的一项新技术,可以研究单个细胞内的基因表达情况,同时解决用组织样本测序无法解决的细胞异质性难题,让解析单个细胞的...
单细胞RNA测序技术详解:原理流程与步骤应用 单细胞RNA测序,通常简称为scRNA-seq,是一项革命性的生物技术,已经改变了我们对生命科学的理解方式。这项技术使研究人员能够深入了解单个细胞的基因表达模式,揭示了生物体内的细胞异质性和功能多样性。在本文中,我们将探讨单细胞RNA测序的意义以及它在生物研究中的应用。 一、...
这八个亚型跟scRNA-seq鉴定到的分群结果相吻合,从而确认了Patch-seq方法的有效性。 Patch-seq的分析适用于离子通道和受体基因研究,可以预测神经生理学表型。跟鲜活细胞的scRNA-seq相比,Patch-seq捕获到的基因显然更少,通量相对更低,然而正因为有不同的单细胞测序方法,使得从单细胞尺度上深入分析分子特征、形态和异常...
单细胞测序技术目前可用于测量群体中每个细胞的基因组（scDNA-seq）、DNA甲基组或转录组（scRNA-seq）。单细胞测序技术已被用于识别癌细胞中的新突变，探索胚胎发育过程中发生的进行性表观基因组变异，并评估看似同质的细胞群体如何表达特定基因（图1）。传统的第二代测序技术（NGS）检查细胞群体的基因组，如细胞培养...
scRNA-seq的主要流程可以分为以下几个步骤：制备单细胞悬液：从样本组织中提取并且制备单细胞悬液。分离、捕获单细胞：常见的单细胞分离捕获技术包括荧光激活细胞分选 (FACS)、磁激活细胞分选、微流体系统和激光显微切割。提取RNA：使用特定的试剂盒或技术将单个细胞中的RNA提取出来，进行质量检测和定量分析。逆转录和...
scBERT 模型由于采用了转换器（Transformer），可以充分有效利用 scRNA-seq 数据中的全局信息，并通过基因之间的相互作用进行学习，从而更全方位地掌握每个细胞的全局信息。为了对 scBERT 模型进行验证，研究人员在涵盖 17 个主要器官/组织、50 多种细胞类型、超过 50 万个细胞和主流单细胞组学技术的 9 个 scRNA-seq...
2009年，Tang等人首次成功地使用高通量测序技术进行单细胞RNA测序（scRNA-seq），这是一个重大的突破，因为它使得我们能够在单个细胞水平上测量基因表达，揭示细胞间的异质性。接着在2011年，Islam等人创建了第一个复用scRNA测序库，它的规模和通量的增加为scRNA-seq的广泛普及奠定了基础。在2013年，Smallwood等人首次...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术通过在单细胞水平上测量基因表达,揭示了细胞群体内的异质性。这项技术的应用,使得研究者能够在前所未有的分辨率下观察肿瘤微环境,识别肿瘤细胞的不同亚群,并探究其生物学功能。 对于前列腺癌的肿瘤异质性,作者深入分析并...
scRNA-seq单细胞测序技术可对分散的单个细胞分别进行基因组、转录组、表观遗传组或多组学测序,可从较少的肿 瘤细胞中获得取可能多的信息。其过程和原理,首先就是给一个bead表面合成无数含有polyT的反转录引物(一个磁珠上含有的polyT引物数量可以高达10的8次方个),然后将每一个磁珠和一个单细胞通过微流控技术放到...