为了确定作者的 BMDM Myd88 基因敲除实验(图 2C)中的 TF-seq 通路活性测量结果能否仅从基因表达数据中再现,作者从 TF-seq 监测的目标转录因子的表达水平推断了通路活性。为此,作者提取了组成转录调节因子复合物的基因的 mRNA 读数,然后复制了图 2C 中的统计分析,比较刺激前后的活性水平。当 TF-seq 和基于表达的通路活性相互
随着测序数据的发展,我们也可以通过cihp-seq来准确的了解转录因子的结合区域。同时可以通过RNA-seq来分析转录因子和结合基因之间是否存在共表达关系。之前的转录因子预测的数据库其实都是基于上面的原理来进行构建的。最近,随着单细胞测序数据的增多,我们也可以在单个细胞当中研究不同系统的调控情况。所以今天就给大家介绍...
TFseq结合了RNAseq的全球基因表达分析，通过合成特定的DNA增强子元件，能够同时检测多个信号通路的转录组和转录因子活性。技术优势：高效性：能够在原代细胞中高效测定40多个信号通路的转录组和转录因子活性。整合性：为遗传和小分子扰动后的通路活动和转录变化提供了整合的洞察。并行性与高通量：使得TFseq成为...
ATAC测序是一种用于测量染色质的开放性和可及性的高通量测序技术。通过ATAC测序,我们可以了解基因组中哪些区域是开放的,可以被转录因子结合和基因转录调控。ATAC测序的原理是利用转座酶将开放的染色质区域特异地连接到测序接头,然后进行PCR扩增和高通量测序。 ATAC测序的步骤 ATAC测序通常包括以下步骤: 1.细胞或组织的...
总结来说,ATAC测序是一项新兴的高通量测序技术,其在研究转录因子与染色质可及性之间的关系方面具有重要意义。通过ATAC测序,我们可以识别转录因子结合位点,深入了解基因调控网络的建立和转录因子对基因表达的调控机制。这项技术对于研究细胞发育、生长以及疾病的发生机制提供了全新的视角和方法。©...
JASPAR是一个免费公开的转录因子数据库,在该数据库中收录了转录因子的mitif信息,可以用来预测转录因子与序列的结合区域。 01 Jaspar简介 该数据库提供了以下9种不同来源和类别的转录因子信息 1. JASPAR CORE 该类别下都是从文献中收集的,有实验证据支持的真核生物转录因子motif信息,而且经过了人工核对,是一个非冗余...
iCCA 富含 POU 和 ETS 因子,而 HCC 以核受体 (NRs) 为主。当恶性细胞使用 31 个 TF 基序特征分层聚集时,细胞主要按肿瘤类型聚集。为了了解这些发现是否能在 scATAC-seq 患者队列之外得到验证,作者使用了 TIGER-LC 队列(HCC = 62,iCCA = 91) 的转录组谱。使用 31 个 TF 基序特征表达的分层聚类将患者分...
转录因子是哺乳动物细胞中一类重要的基因调控元件,很多疾病的发生都与转录因子功能失调有关。2015年,美国麻省总医院及哈佛医学院研究者联合在Science发文,公布了他们关于转录因子与基因调控元件中DNA及RNA之间
转录因子是指能够结合到DNA上并在转录过程中调控基因表达的一类蛋白质。转录因子可分为激活子和抑制子,它们各自能够增强或降低基因表达水平。在DNA测序中,转录因子的作用主要表现在两个方面。 其一,转录因子参与DNA剪切和连接反应。在DNA测序前,首先需要将DNA分离成较小的片段。实验中会通过切割酶将DNA片段切成约1,00...
转录因子,一种 TF 识别基序,附着在特定的 DNA 序列上。 为了确定和分类这样的识别基序,已经使用了许多方法。 评估整个基因组中转录因子结合活性的一种技术是分析染色质可及性测定,例如脱氧核糖核酸酶过敏位点测序 (DNase-seq)、甲醛辅助分离调节元件测序 (FAIRE-seq) 和转座酶可及染色质测序测定(ATAC-seq)。 蛋白...