🔍 探索转录因子与DNA的互作关系,ChIP-seq、CUT-Tag和DAP-seq这三种技术各有千秋。📖 ChIP-seq:作为历史最悠久的技术,ChIP-seq以其成熟和稳定性受到青睐。通过染色质免疫共沉淀,特异性富集目的蛋白结合的DNA片段,经过纯化和文库构建,再通过高通量测序,最终利用生物信息学分析,在全基因组范围内揭示转录因子、组蛋...
为了确定作者的 BMDM Myd88 基因敲除实验(图 2C)中的 TF-seq 通路活性测量结果能否仅从基因表达数据中再现,作者从 TF-seq 监测的目标转录因子的表达水平推断了通路活性。为此,作者提取了组成转录调节因子复合物的基因的 mRNA 读数,然后复制了图 2C 中的统计分析,比较刺激前后的活性水平。当 TF-seq 和基于表达...
ATAC测序是一种用于测量染色质的开放性和可及性的高通量测序技术。通过ATAC测序,我们可以了解基因组中哪些区域是开放的,可以被转录因子结合和基因转录调控。ATAC测序的原理是利用转座酶将开放的染色质区域特异地连接到测序接头,然后进行PCR扩增和高通量测序。 ATAC测序的步骤 ATAC测序通常包括以下步骤: 1.细胞或组织的...
总结来说,ATAC测序是一项新兴的高通量测序技术,其在研究转录因子与染色质可及性之间的关系方面具有重要意义。通过ATAC测序,我们可以识别转录因子结合位点,深入了解基因调控网络的建立和转录因子对基因表达的调控机制。这项技术对于研究细胞发育、生长以及疾病的发生机制提供了全新的视角和方法。©...
JASPAR是一个免费公开的转录因子数据库,在该数据库中收录了转录因子的mitif信息,可以用来预测转录因子与序列的结合区域。 01 Jaspar简介 该数据库提供了以下9种不同来源和类别的转录因子信息 1. JASPAR CORE 该类别下都是从文献中收集的,有实验证据支持的真核生物转录因子motif信息,而且经过了人工核对,是一个非冗余...
随着测序数据的发展,我们也可以通过cihp-seq来准确的了解转录因子的结合区域。同时可以通过RNA-seq来分析转录因子和结合基因之间是否存在共表达关系。之前的转录因子预测的数据库其实都是基于上面的原理来进行构建的。最近,随着单细胞测序数据的增多,我们也可以在单个细胞当中研究不同系统的调控情况。
其中就包括了转录因子的调控。转录因子调控的一个主要的过程是转录因子和基因启动子区进行结合进而来对其表达进行调控。由于每个转录因子都有自己的固定的识别序列,所以基于特定的识别序列,我们就可以了解每个转录因子都可能调控哪些基因。随着测序数据的发展,我们也可以通过cihp-seq来准确的了解转录因子的结合区域。同时...
转录因子是哺乳动物细胞中一类重要的基因调控元件,很多疾病的发生都与转录因子功能失调有关。2015年,美国麻省总医院及哈佛医学院研究者联合在Science发文,公布了他们关于转录因子与基因调控元件中DNA及RNA之间
Cell Systems | TF-seq | 转录因子测序：一种整合研究系统信号通路的新方法传统的报告基因测定法在研究信号通路中具有局限性，TF-seq（转录因子活性测序）作为新型并行检测技术，通过合成DNA增强子元件，实现了在原代细胞中对40多个信号通路的转录组和转录因子活性的高效测定。在Myd88缺失的巨噬细胞中，TF...
为检测组蛋白修饰以及调控转录活跃区域的转录因子与DNA的结合,我们推出了Cut&tag靶向剪切及转座酶技术 (Cleavage Under Target and Tagmentation),它利用ProteinA-Tn5融合蛋白,将Tn5转座酶引导至与目标染色质结合的抗体附近,切割目的蛋白结合的DNA同时直接添加建库接头,并进行DNA测序,是一种操作简单、用途广泛且功能强大的...