为了确定作者的 BMDM Myd88 基因敲除实验(图 2C)中的 TF-seq 通路活性测量结果能否仅从基因表达数据中再现,作者从 TF-seq 监测的目标转录因子的表达水平推断了通路活性。为此,作者提取了组成转录调节因子复合物的基因的 mRNA 读数,然后复制了图 2C 中的统计分析,比较刺激前后的活性水平。当 TF-seq 和基于表达...
该数据集包含了233个调控人类非编码基因的转录因子motif信息,是根据Xie et al. (PNAS 2007)文章中的数据收集整理的,编号以CN开头 3. Collection FAM 该类别下保存的是转录因子的类别class信息,多个转录因子可以拥有相同的调控序列,将调控序列相同的转录因子归为一类。每个class的编号以MF开头 4. Collection PBM 该...
ATAC测序是一种用于测量染色质的开放性和可及性的高通量测序技术。通过ATAC测序,我们可以了解基因组中哪些区域是开放的,可以被转录因子结合和基因转录调控。ATAC测序的原理是利用转座酶将开放的染色质区域特异地连接到测序接头,然后进行PCR扩增和高通量测序。 ATAC测序的步骤 ATAC测序通常包括以下步骤: 1.细胞或组织的...
Cell Systems | TF-seq | 转录因子测序：一种整合研究系统信号通路的新方法传统的报告基因测定法在研究信号通路中具有局限性，TF-seq（转录因子活性测序）作为新型并行检测技术，通过合成DNA增强子元件，实现了在原代细胞中对40多个信号通路的转录组和转录因子活性的高效测定。在Myd88缺失的巨噬细胞中，TF...
转录因子是指能够结合到DNA上并在转录过程中调控基因表达的一类蛋白质。转录因子可分为激活子和抑制子,它们各自能够增强或降低基因表达水平。在DNA测序中,转录因子的作用主要表现在两个方面。 其一,转录因子参与DNA剪切和连接反应。在DNA测序前,首先需要将DNA分离成较小的片段。实验中会通过切割酶将DNA片段切成约1,00...
总结来说,ATAC测序是一项新兴的高通量测序技术,其在研究转录因子与染色质可及性之间的关系方面具有重要意义。通过ATAC测序,我们可以识别转录因子结合位点,深入了解基因调控网络的建立和转录因子对基因表达的调控机制。这项技术对于研究细胞发育、生长以及疾病的发生机制提供了全新的视角和方法。©...
转录因子,一种 TF 识别基序,附着在特定的 DNA 序列上。 为了确定和分类这样的识别基序,已经使用了许多方法。 评估整个基因组中转录因子结合活性的一种技术是分析染色质可及性测定,例如脱氧核糖核酸酶过敏位点测序 (DNase-seq)、甲醛辅助分离调节元件测序 (FAIRE-seq) 和转座酶可及染色质测序测定(ATAC-seq)。 蛋白...
ChIP-Seq是揭示特定转录因子或蛋白复合物的结合区域,实际是研究DNA和蛋白质的相互作用,利用抗体将蛋白质和DNA一起富集,并对富集到的DNA进行测序。 DNase-Seq、ATAC-Seq、FAIRE-Seq都是用来研究开放染色质区域。 DNase-Seq是用的DNase I内切酶识别开放染色质区域,而ATAC-seq是用的Tn5转座酶,随后进行富集和扩增; ...
单细胞测序技术的兴起,使得科研工作者们能够对异质性细胞群体中的每一个个体进行高分辨率的转录组学分析。这项革命性的方法打破了传统上对细胞群体进行平均化测量的局限性,揭示了细胞内部存在的显著差异。通过比较同种类细胞之间转录因子表达谱的差异,可以追溯这些差异的根源,探明细胞命运多样性的分子基础。 值得一提的...
随着测序数据的发展,我们也可以通过cihp-seq来准确的了解转录因子的结合区域。同时可以通过RNA-seq来分析转录因子和结合基因之间是否存在共表达关系。之前的转录因子预测的数据库其实都是基于上面的原理来进行构建的。最近,随着单细胞测序数据的增多,我们也可以在单个细胞当中研究不同系统的调控情况。