转录因子可以调节基因组DNA开放性、募集RNA聚合酶进行转录过程、募集辅助因子调节特定的转录阶段,调控诸多生命进程,诸如免疫反应、发育模式等,F活性是根据靶标mRNA表达水平计算的,所以,可以将TF活性视为转录状态,所以,分析转录因子表达及其调控活性对于解析复杂生命活动具有重要意义。 在单细胞层次普及度最高的应该是SCENIC...
转录因子(transcription factors, TFs)是指能够识别、结合在某基因上游特异核苷酸序列上的蛋白质。其通过介导RNA聚合酶与DNA模板的结合,从而调控下游靶基因的转录;也可以和其它转录因子形成转录因子复合体来影响基因的转录。转录因子在生命活动过程中,参与调节基因组DNA开放性、募集RNA聚合酶进行转录过程、募集辅助因子调节...
图. 转录因子转录活性分析酵母结果图 结果分析：pGBKT7-VP16为阳性对照。在SD/-Trp-His平板上能够长出菌斑，表明其能够独自激活下游报告基因转录。在含有X-α-gal的平板上在报告基因作用下同样长出菌斑且变蓝。pGBKT7为阴性对照。在SD/-Trp-His平板不能长出菌斑，表明其无法单独激活下游报告基因转录，同时也...
转录因子(Transcription Factors,TFs),是指能够以特定序列与基因专一性结合,从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子。转录因子通过识别特定的DNA序列来控制染色质和转录,以形成指导基因组表达的复杂系统。许多转录因子充当着主调节因子和选择基因的角色,控制着细胞类型的决定、发育模式和特定途径...
单细胞转录组实战06: pySCENIC转录因子分析(原理) 背景 转录因子(transcriptionfactor, TF)是直接作用于转录组上,调控DNA转录的蛋白质。它通过与DNA特定区域结合(TFBS/motif),促进(activator)或阻止(repressor)DNA的转录过程,了解转录因子对于解析细胞的功能及生命活动有重要作用...
SCENIC(single-cell regulatory network inference and clustering)是一个基于共表达和motif分析,计算单细胞转录组数据基因调控网络重建以及细胞状态鉴定的方法。在输入单细胞基因表达量矩阵后,SCENIC经过以下三个步骤完成转录因子分析: 第一步,GENIE3(随机森林)/GRNBoost (Gradient Boosting) 推断转录因子与候选靶基因之间...
DAP-seq分析 首先,作者进行了一次转录组检测,主要是为了从中筛选出柑橘在感染绿霉病之后,机体内做出显著响应的转录因子,最后确定了CsWRKY33为柑橘抗病机制中的关键转录因子。 然后,作者为了确定CsWRKY33在基因组上的DNA结合位点,进而去确定相对应的靶基因,使用了DAP-seq技术去鉴定与CsWRKY33相关的靶基因。也就是在...
PlantTFDB和PlantRegMap是北京大学高歌课题组开始的目前使用最广泛的植物转录因子数据库,可以帮助我们方便快速的进行一系列转录因子分析。 图1 利用PlantTFDB数据库(http://planttfdb.gao-lab.org/index.php)对TF进行注释,该数据库已经对100多个物种进行了TF注释,如果我们研究的物种正好被注释且所选用的参考基因组一致...
转录因子是一类能结合到DNA上的蛋白质,它们能够直接或间接地影响基因的转录水平。转录因子分析的目标是确定转录因子与特定基因的相互作用方式,从而揭示基因调控网络的结构和功能。目前常用的转录因子分析技术手段主要有DNA亲和层析、色谱-质谱联用技术、高通量测定和基因组学方法等。 DNA亲和层析在转录因子分析中得到了...
针对模式物种,单一式DAP-seq分析可以通过以下两种研究手段实现: 1)“基因家族式”研究:目标基因已知,研究特定基因家族对转录因子的调控。 2)“物种式”研究:物种已知,研究特定物种全部的转录因子结合位点信息。 图4 基迪奥“基因家族式”DAP-seq 研究分析流程 ...