转录因子分析 sucy 专栏已对文章进行分类~3 人赞同了该文章 转录因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因组,与特定DNA序列结合 (TFBS/motif) ,调控DNA转录过程的一类蛋白质。转录因子可以调节基因组DNA开放性、募集RNA聚合酶进行转录过程、募集辅助因子调节特定的转录阶段,调控诸多生命进程,诸如免疫反应、...
在输入单细胞基因表达量矩阵后,SCENIC经过以下三个步骤完成转录因子分析: 第一步,GENIE3(随机森林)/GRNBoost (Gradient Boosting) 推断转录因子与候选靶基因之间的共表达模块,每个模块包含一个转录因子及其靶基因,纯粹基于共表达; 第二步,RcisTatget分析每个共表达模块中的基因,以鉴定enriched motifs,仅保留TF motif...
转录因子(transcription factors, TFs)是指能够识别、结合在某基因上游特异核苷酸序列上的蛋白质。其通过介导RNA聚合酶与DNA模板的结合,从而调控下游靶基因的转录;也可以和其它转录因子形成转录因子复合体来影响基因的转录。转录因子在生命活动过程中,参与调节基因组DNA开放性、募集RNA聚合酶进行转录过程、募集辅助因子调节...
单细胞转录组实战06: pySCENIC转录因子分析(原理) 背景 转录因子(transcriptionfactor, TF)是直接作用于转录组上,调控DNA转录的蛋白质。它通过与DNA特定区域结合(TFBS/motif),促进(activator)或阻止(repressor)DNA的转录过程,了解转录因子对于解析细胞的功能及生命活动有重要作用 分析流程 对亚群细分类分析,也可以对不同...
图. 转录因子转录活性分析酵母结果图 结果分析：pGBKT7-VP16为阳性对照。在SD/-Trp-His平板上能够长出菌斑，表明其能够独自激活下游报告基因转录。在含有X-α-gal的平板上在报告基因作用下同样长出菌斑且变蓝。pGBKT7为阴性对照。在SD/-Trp-His平板不能长出菌斑，表明其无法单独激活下游报告基因转录，同时也...
2. 具体步骤主要步骤包括DNA文库构建、蛋白表达、蛋白与文库的结合反应、文库PCR加接头及定量检测、上机测序、生信分析等。(1)组织材料的全基因组 DNA 提取,并构建 DNA文库;(2)构建转录因子的Halo-tag体外表达质粒,利用麦胚系统进行蛋白表达;(3)混合蛋白与文库,磁珠富集与目的蛋白结合的 DNA 片段;(4)多次洗涤,...
针对模式物种,单一式DAP-seq分析可以通过以下两种研究手段实现: 1)“基因家族式”研究:目标基因已知,研究特定基因家族对转录因子的调控。 2)“物种式”研究:物种已知,研究特定物种全部的转录因子结合位点信息。 图4 基迪奥“基因家族式”DAP-seq 研究分析流程 ...
PlantTFDB和PlantRegMap是北京大学高歌课题组开始的目前使用最广泛的植物转录因子数据库,可以帮助我们方便快速的进行一系列转录因子分析。 图1 利用PlantTFDB数据库(http://planttfdb.gao-lab.org/index.php)对TF进行注释,该数据库已经对100多个物种进行了TF注释,如果我们研究的物种正好被注释且所选用的参考基因组一致...
转录因子是一类能结合到DNA上的蛋白质,它们能够直接或间接地影响基因的转录水平。转录因子分析的目标是确定转录因子与特定基因的相互作用方式,从而揭示基因调控网络的结构和功能。目前常用的转录因子分析技术手段主要有DNA亲和层析、色谱-质谱联用技术、高通量测定和基因组学方法等。 DNA亲和层析在转录因子分析中得到了...
测试数据来自《Single-cell RNA sequencing highlights the role of inflammatory cancer-associated fibroblasts in bladder urothelial carcinoma》,从原始数据出发,降维聚类分群后,使用fibo细胞亚群做转录因子分析。 1、grn 输入表达矩阵和转录因子列表,软件基于共表达构建转录因子与潜在靶基因的调控网络。构建网络的...