1. 前期准备(1)样本准备:足量样本(详情参考送样指南)、含有目的转录因子的质粒(需提供测序结果) (2)样本重复:针对同一个转录因子可以不设置重复样本;如果想设置重复样本,建议两到三个,且一次性完成重复实验(3)分析信息准备:本研究物种匹配的成熟的基因组信息(包括基因组 fa 文件、gff 文件、pep.fa 文件)备注:...
本文将详细阐述使用TRANSFAC进行转录因子分析的基本流程。 1. 数据准备: 在开始分析之前,你需要收集DNA序列数据,这可能来自基因组序列、ChIP-seq或其他高通量测序数据。这些数据应包含你感兴趣的区域,如启动子、增强子或其他可能的转录因子结合位点。 2. 数据预处理: 使用生物信息学工具对收集的DNA序列进行预处理,包括...
去年我们在《生信技能树》公众号带领大家一起学习过: SCENIC转录因子分析结果的解读 ,提到了在做单细胞转录因子分析,首选的工具就是SCENIC流程,其工作流程两次发表在nature系列杂志足以说明它的优秀 :SCENIC :…
转录因子ChIP-seq (TF ChIP-seq) 处理流程适用于预测以点状方式结合的蛋白质,例如特定 DNA 序列或特定染色质结构。其中,IP标靶通常是已知或推定的转录因子或染色质重塑蛋白,也可以是 RNA 结合蛋白、其他 DNA 或染色质特异性因子。 (2)处理流程 组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信...
另外,运行单细胞转录因子分析之SCENIC流程还需要下载配套数据库,不同物种不一样, 在 https://resources.aertslab.org/cistarget/ 查看自己的物种,按需下载: 代码语言:javascript 复制 # https://resources.aertslab.org/cistarget/dbFiles<-c("https://resources.aertslab.org/cistarget/databases/homo_sapiens/hg1...
单细胞转录组分析流程-标准分析 3751 已完结 ·共17课时 有效期1年 适合新手的细胞分群、整合注释、富集分析、可视化,手把手教程 发布者 关注 捡羊毛的咩 国内知名测序公司,主要负责肿瘤项目的单细胞转录组下游分析;目前生物信息学在读博士,主要进行单细胞转录组及表观组学方向的研究。 课程概述 评论(15) 单细胞测...
基于二代测序数据的转录因子分析流程软件是由北京果壳生物科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR0478140,属于分类,想要查询更多关于基于二代测序数据的转录因子分析流程软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
eBioscience 小鼠细胞内(细胞核/转录因子)蛋白流式细胞分析工作流程套件包含完成标准流式细胞分析实验所需的所有缓冲液、阻滞剂和微珠,用于对小鼠细胞悬浮液中的细胞内细胞核和转录因子靶标进行染色。参见方案 ›该套件包含:• UltraComp eBeads Plus了解更多信息Have...
1. 前期准备（1）样本准备：足量样本、含有目的转录因子的质粒（需提供测序结果）（2）样本重复：针对同一个转录因子可以不设置重复样本；如果想设置重复样本，建议两到三个，且一次性完成重复实验（3）分析信息准备：本研究物种匹配的成熟的基因组信息（包括基因组 fa 文件、gff 文件、pep.fa 文件）...
组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信号和peak calling方法以及随后的重复样本统计处理方面有所不同。 组蛋白分析流程可以解析点状结合和更长的染色质结构域,这些结构域由许多靶蛋白或靶修饰实例结合。组蛋白ChIP-seq 流程的output适合作为将染色质区域分类为功能类别的染色质分割模型的input...