1. 前期准备(1)样本准备:足量样本(详情参考送样指南)、含有目的转录因子的质粒(需提供测序结果) (2)样本重复:针对同一个转录因子可以不设置重复样本;如果想设置重复样本,建议两到三个,且一次性完成重复实验(3)分析信息准备:本研究物种匹配的成熟的基因组信息(包括基因组 fa 文件、gff 文件、pep.fa 文件)备注:...
本文将详细阐述使用TRANSFAC进行转录因子分析的基本流程。 1. 数据准备: 在开始分析之前,你需要收集DNA序列数据,这可能来自基因组序列、ChIP-seq或其他高通量测序数据。这些数据应包含你感兴趣的区域,如启动子、增强子或其他可能的转录因子结合位点。 2. 数据预处理: 使用生物信息学工具对收集的DNA序列进行预处理,包括...
可以看到,我们的小鼠表达矩阵200个细胞分成5个亚群,基因数量就862个,这里面呢,属于转录因子的居然仅仅是8个基因,所以函数会提醒一下: Only 8 (0%) of the 1721 TFs in the database were found in the dataset. Do they use the same gene IDs? 其中这个 runGenie3 流程是限速步骤,可以转移到服务器上面...
转录因子ChIP-seq (TF ChIP-seq) 处理流程适用于预测以点状方式结合的蛋白质,例如特定 DNA 序列或特定染色质结构。其中,IP标靶通常是已知或推定的转录因子或染色质重塑蛋白,也可以是 RNA 结合蛋白、其他 DNA 或染色质特异性因子。 (2)处理流程 组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信...
另外,运行单细胞转录因子分析之SCENIC流程还需要下载配套数据库,不同物种不一样, 在 https://resources.aertslab.org/cistarget/ 查看自己的物种,按需下载: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 # https://resources.aertslab.org/cistarget/dbFiles<-c("https://resources.aertslab.org...
单细胞转录组分析流程-标准分析 3751 已完结 ·共17课时 有效期1年 适合新手的细胞分群、整合注释、富集分析、可视化,手把手教程 发布者 关注 捡羊毛的咩 国内知名测序公司,主要负责肿瘤项目的单细胞转录组下游分析;目前生物信息学在读博士,主要进行单细胞转录组及表观组学方向的研究。 课程概述 评论(15) 单细胞测...
✅挑战2min学会经典上游分析转录因子,转录组资料分享给大家 📝研究转录因子的流程 1、筛选目标转录因子 2、验证转录因子 3、研究基本功能 4、解析相关机制🌟最后给大家整理了转录组分析合集指南,分享给大家～ #医学科研#医学博士#转 - 生信小晨于20250105发布在抖
1. 前期准备（1）样本准备：足量样本、含有目的转录因子的质粒（需提供测序结果）（2）样本重复：针对同一个转录因子可以不设置重复样本；如果想设置重复样本，建议两到三个，且一次性完成重复实验（3）分析信息准备：本研究物种匹配的成熟的基因组信息（包括基因组 fa 文件、gff 文件、pep.fa 文件）...
另外,运行单细胞转录因子分析之SCENIC流程还需要下载配套数据库,不同物种不一样, 在https://resources.aertslab.org/cistarget/查看自己的物种,按需下载: # https://resources.aertslab.org/cistarget/dbFiles <- c("https://resources.aertslab.org/cistarget/databases/homo_sapiens/hg19/refseq_r45/mc9nr/gene...
组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信号和peak calling方法以及随后的重复样本统计处理方面有所不同。 组蛋白分析流程可以解析点状结合和更长的染色质结构域,这些结构域由许多靶蛋白或靶修饰实例结合。组蛋白ChIP-seq 流程的output适合作为将染色质区域分类为功能类别的染色质分割模型的input...