这些基序可以作为GmARF16或其相互作用的转录因子结合的顺式元件。接下来,为了鉴定直接受GmARF16调控的盐胁迫响应基因,研究整合了RNA-seq和ChIP-seq数据集,取它们重叠的基因集。共有51个靶点被鉴定为差异表达基因(DEGs)。其中,17个基因表达下调,其余34个基因表达上调。在这些DEGs中,文献报道过拟南芥AtMYC2同源物的Gm...
网络图简介 网络图是由节点(node)和边(edge)构成的,节点代表生物学实体(例如基因,蛋白质等),边代表实体间的关联。网络图能够在有限的空间内展示不同元素间的相互关系,例如靶向关系,结合关系等。 在简单网络图的基础上,使用不同的形状、颜色等区分不同类型的生物学实体,使用不同粗细,线型等区分强弱关系,甚至使用...
转录因子-基因网络是由转录因子和其调控的靶基因组成的网络。转录因子是一类能够结合到DNA上并调控靶基因表达的蛋白质。在生物体内,转录因子通过结合到DNA上的特定序列(启动子或增强子)来调控靶基因表达。 转录因子-基因网络构建可以用于研究转录调控网络的结构和功能。构建转录因子-基因网络的方法主要有两种:基于表达数据...
基因调控网络是指由转录因子和其调控的目标基因所构成的复杂网络。基因调控网络的建立是一个动态的过程,包括以下几个关键步骤。 1.转录因子的鉴定:通过实验手段和分析方法,鉴定和筛选具有转录调控作用的转录因子。这些转录因子可能通过不同方式调控目标基因,通过研究这些转录因子的功能和相互作用关系,可以初步揭示基因调控...
网络图简介 网络图是由节点(node)和边(edge)构成的,节点代表生物学实体(例如基因,蛋白质等),边代表实体间的关联。网络图能够在有限的空间内展示不同元素间的相互关系,例如靶向关系,结合关系等。 在简单网络图的基础上,使用不同的形状、颜色等区分不同类型的生物学实体,使用不同粗细,线型等区分强弱关系,甚至使用...
在过去的数十年中,随着技术手段的不断改进,科研人员对转录因子网络和基因表达调控的研究也在不断深入。本文将就其研究进展做一简要概述。 一、转录因子网络 转录因子网络是基于转录因子靶基因的关系而建立起来的一种网络结构。与其他通常的生物学网络不同,转录因子网络形成时涉及到转录因子本身的结构和功能。转录因子...
转录因子与TFBSs的结合可以激活或抑制靶基因的转录,进而调控该基因的表达水平。转录因子结合位点的分布和序列特征是决定转录因子-基因调控关系的重要因素。 在基因调控网络中,转录因子不仅可以直接调控靶基因的转录,还可以通过与其他转录因子相互作用形成复杂的调控网络。这些调控网络的形成和功能调控了细胞的发育、分化和...
网络图简介 网络图是由节点(node)和边(edge)构成的,节点代表生物学实体(例如基因,蛋白质等),边代表实体间的关联。网络图能够在有限的空间内展示不同元素间的相互关系,...
基因调控网络指一组基因通过相互作用来进行调节表达的过程,而转录因子(Transcription Factor, TF)则被认为是该过程中的一大关键元素,因为它们能够与DNA结合并调节基因的转录活性。本文将会探讨TF在基因调控网络中的作用和研究进展。 一、TF的基本特征 TF是一类可以连接DNA序列并调控基因转录的蛋白质。它们通常在启动子...
本文将介绍转录因子在基因转录调控网络中的作用机制。 一.转录因子的分类和结构 转录因子可以分为DNA结合蛋白和不具有DNA结合活性的转录辅助因子两类。DNA结合蛋白通过与DNA相互作用来调节基因转录作用,而转录辅助因子则通过调节DNA结合蛋白的活性来发挥作用。 DNA结合蛋白可以根据其DNA结合结构分为拟荧光素DNA结合蛋白、...