这些基序可以作为GmARF16或其相互作用的转录因子结合的顺式元件。接下来,为了鉴定直接受GmARF16调控的盐胁迫响应基因,研究整合了RNA-seq和ChIP-seq数据集,取它们重叠的基因集。共有51个靶点被鉴定为差异表达基因(DEGs)。其中,17个基因表达下调,其余34个基因表达上调。在这些DEGs中,文献报道过拟南芥AtMYC2同源物的Gm...
转录因子-基因网络是由转录因子和其调控的靶基因组成的网络。转录因子是一类能够结合到DNA上并调控靶基因表达的蛋白质。在生物体内,转录因子通过结合到DNA上的特定序列(启动子或增强子)来调控靶基因表达。 转录因子-基因网络构建可以用于研究转录调控网络的结构和功能。构建转录因子-基因网络的方法主要有两种:基于表达数据...
miRNA-靶基因网络图 miRNA是一类长约22nt的非编码小RNA,它们可以调节其他基因的表达。因此,miRNA与基因间就存在着靶向关系,而一个miRNA可以靶向多个基因,故可以形成miRNA-靶基因网络图。如下图所示,黄色三角形表示miRNA has-let-7a-5p,周围蓝色圆形表示靶基因,以箭头形式表示miRNA靶向这些基因,以圆形进行布局。整幅...
基因调控网络是指由转录因子和其调控的目标基因所构成的复杂网络。基因调控网络的建立是一个动态的过程,包括以下几个关键步骤。 1.转录因子的鉴定:通过实验手段和分析方法,鉴定和筛选具有转录调控作用的转录因子。这些转录因子可能通过不同方式调控目标基因,通过研究这些转录因子的功能和相互作用关系,可以初步揭示基因调控...
网络图简介 网络图是由节点(node)和边(edge)构成的,节点代表生物学实体(例如基因,蛋白质等),边代表实体间的关联。网络图能够在有限的空间内展示不同元素间的相互关系,...
-, 视频播放量 8、弹幕量 0、点赞数 0、投硬币枚数 0、收藏人数 0、转发人数 0, 视频作者 简芥领客程, 作者简介 课嘉卫星shykk66,相关视频:749局基因融合实验 评论区为新物种赋名 #ai #749局,749局基因融合实验 评论区为新物种赋名 #ai #749局,749局基因融合实验 评论
在过去的数十年中,随着技术手段的不断改进,科研人员对转录因子网络和基因表达调控的研究也在不断深入。本文将就其研究进展做一简要概述。 一、转录因子网络 转录因子网络是基于转录因子靶基因的关系而建立起来的一种网络结构。与其他通常的生物学网络不同,转录因子网络形成时涉及到转录因子本身的结构和功能。转录因子...
miRNA是一类长约22nt的非编码小RNA,它们可以调节其他基因的表达。因此,miRNA与基因间就存在着靶向关系,而一个miRNA可以靶向多个基因,故可以形成miRNA-靶基因网络图。如下图所示,黄色三角形表示miRNA has-let-7a-5p,周围蓝色圆形表示靶基因,以箭头形式表示miRNA靶向这些基因,以圆形进行布局。整幅图形象且美观,当然也...
本文将介绍转录因子在基因转录调控网络中的作用机制。 一.转录因子的分类和结构 转录因子可以分为DNA结合蛋白和不具有DNA结合活性的转录辅助因子两类。DNA结合蛋白通过与DNA相互作用来调节基因转录作用,而转录辅助因子则通过调节DNA结合蛋白的活性来发挥作用。 DNA结合蛋白可以根据其DNA结合结构分为拟荧光素DNA结合蛋白、...
首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开miRNA-靶基因绘制页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描述和结果示例。也可以在主页搜索框中搜索network,找到绘图页面。 http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_miRNA_target_network_plot_197 ...