这些基序可以作为GmARF16或其相互作用的转录因子结合的顺式元件。接下来,为了鉴定直接受GmARF16调控的盐胁迫响应基因,研究整合了RNA-seq和ChIP-seq数据集,取它们重叠的基因集。共有51个靶点被鉴定为差异表达基因(DEGs)。其中,17个基因表达下调,其余34个基因表达上调。在这些DEGs中,文献报道过拟南芥AtMYC2同源物的Gm...
基因调控网络是指由转录因子和其调控的目标基因所构成的复杂网络。基因调控网络的建立是一个动态的过程,包括以下几个关键步骤。 1.转录因子的鉴定:通过实验手段和分析方法,鉴定和筛选具有转录调控作用的转录因子。这些转录因子可能通过不同方式调控目标基因,通过研究这些转录因子的功能和相互作用关系,可以初步揭示基因调控...
因此基于基因调控网络(GRNs)的理念被提出,即通过比较某一转录因子上下游基因的表达情况来反推该转录因子的活性。SCENIC作为单细胞转录因子分析的代表软件近些年被广泛使用,但是它使用起来十分笨重,而且可分析的内容有限,因此目前急需新一代的单细胞转录因子分析软件。 今天,Immugent就来介绍一款轻便的基于单细胞数据进行转...
-, 视频播放量 8、弹幕量 0、点赞数 0、投硬币枚数 0、收藏人数 0、转发人数 0, 视频作者 简芥领客程, 作者简介 课嘉卫星shykk66,相关视频:749局基因融合实验 评论区为新物种赋名 #ai #749局,749局基因融合实验 评论区为新物种赋名 #ai #749局,749局基因融合实验 评论
基因转录调控网络通常由DNA非编码调控元件、转录因子和RNA组成,其中转录因子是调控基因表达的主要元素之一。转录因子可以通过与DNA的特定序列结合来调节基因转录过程,从而影响细胞的生理和病理状态。本文将介绍转录因子在基因转录调控网络中的作用机制。 一.转录因子的分类和结构 转录因子可以分为DNA结合蛋白和不具有DNA结合...
因此基于基因调控网络(GRNs)的理念被提出,即通过比较某一转录因子上下游基因的表达情况来反推该转录因子的活性。SCENIC作为单细胞转录因子分析的代表软件近些年被广泛使用,但是它使用起来十分笨重,而且可分析的内容有限,因此目前急需新一代的单细胞转录因子分析软件。
转录因子是一类控制基因转录的蛋白质。基因调控网络的起点是由转录因子与DNA上的特定序列结合,激活或抑制基因的转录。转录因子的结合会引发一系列的生物化学反应,形成调控因子与DNA结合的复合物,这些复合物在染色质中寻找并调控目标基因。转录因子的基因表达可以受到内源性和外源性信号的调节。内源性信号主要来自于细胞的...
整体转录因子调控网络 整体调控网络是以网格的形式展示所有输入基因的相互作用。这个数据结果是基于RNA-seq数据的共表达分析得到的。我们可以通过网络图选择不同数据的结果。 我们可以通过Network Options来调整结果的可视化。例如基于WGCNA module来进行着色 转录因子之间调控网络 ...
SCENIC是一种重建基因调控网络(GRN)并从scRNA-seq数据中鉴定stable cell states的工具。基于共表达和DNA模基序 (motif)分析推断基因调控网络 ,然后在每个细胞中分析转录因子基因集活性进而鉴定细胞状态[1]。SCENIC分析由于其能够关注转录因子与靶基因互作等额外信息,在很多单细胞文章中都得到了应用[2-3]。
在基因调控中,转录因子是非常重要的一种分子机制。转录因子是一类调控基因表达的蛋白质,可以结合到特定的DNA序列上,激活或抑制特定的基因转录。转录因子通过与DNA结合,并与其他蛋白质相互作用,形成复杂的调控网络,调节了基因转录的时空表达,从而影响细胞的生理和病理状态。 转录因子结构与功能 转录因子是一类高度保守的...