第一个亚群的SCENIC转录因子分析的经典三张图 每个亚群都有各自富集到的转录因子,包括:pigmentation, NCSC, “invasive,”“proliferative” and SMC states ,都可以根据SCENIC转录因子分析的结果来绘制经典三张图,数据集在GSE116237,总共也就是 865个细胞: 其它亚群的SCENIC转录因子分析的经典三张图 2020年10月NC的...
每个亚群都有各自富集到的转录因子,包括: pigmentation, NCSC, “invasive,”“proliferative” and SMC states ,都可以根据SCENIC转录因子分析的结果来绘制经典三张图,数据集在GSE116237,总共也就是 865个细胞: 2020年10月NC的膀胱癌免疫微环境 文章标题是;《Single-cell RNA sequencing highlights the role of infl...
每个模块包含一个转录因子及其靶基因。 这个共表达网络只是基于TF和gene表达量相关性推测的,TF和gene之间是否现实存在调控关系还需要进一步验证。验证的方法主要从TF功能结构入手,从上图1我们可以看出,TF是通过直接与DNA结合而发挥作用的,因此我们可以通过反向查看gene上是否存在TF结合的motif序列来验证TF与gene的靶向关系...
单细胞进阶分析包括多个方面，如拟时序分析、细胞通讯分析以及SCENIC转录因子分析。SCENIC转录因子分析虽然在研究中变得更为常见，但其难度并未降低。理解SCENIC分析方法前，应通过实例学习并广泛阅读相关文献。例如，2018年CELL杂志上发表的文章《Toward Minimal Residual Disease-Directed Therapy in Melanoma》中...
第一个亚群的SCENIC转录因子分析的经典三张图 每个亚群都有各自富集到的转录因子,包括:pigmentation, NCSC, “invasive,”“proliferative” and SMC states ,都可以根据SCENIC转录因子分析的结果来绘制经典三张图,数据集在GSE116237,总共也就是 865个细胞: ...
SCENIC转录因子分析结果的解读 单细胞进阶分析主要是拟时序分析,细胞通讯分析,以及SCENIC转录因子分析。但实际上随着越来越多单细胞研究从CNS正刊跌落到CNS子刊,再到普通的数据挖掘文章,所谓的进阶分析也要沦落为标准分析啦。 不过,虽然SCENIC转录因子分析越来越普通,但它的难度并不会降低,在试图学习这个分析方法之前,...
第一个亚群的SCENIC转录因子分析的经典三张图 每个亚群都有各自富集到的转录因子,包括:pigmentation, NCSC, “invasive,”“proliferative” and SMC states ,都可以根据SCENIC转录因子分析的结果来绘制经典三张图,数据集在GSE116237,总共也就是 865个细胞: ...