首先是:图 a Heatmap of the area under the curve (AUC) scores of TF motifs estimated per cell by SCENIC. Shown are top five differentially activated motifs in iCAFs and mCAFs, respectively 也就是说,研究者定位到了两个细胞亚群 iCAFs and mCAFs,然后针对性的对这两个细胞亚群进行SCENIC分析,取...
作者使用SCENIC转录因子分析揭示了特定细胞亚群的调控活性区域，通过三个可视化图展示了pigmentation、NCSC、"invasive"、"proliferative"和SMC状态等转录因子的富集情况。文章的GSE116237数据集包含了865个细胞。
单细胞进阶分析主要是拟时序分析,细胞通讯分析,以及SCENIC转录因子分析。但实际上随着越来越多单细胞研究从CNS正刊跌落到CNS子刊,再到普通的数据挖掘文章,所谓的进阶分析也要沦落为标准分析啦。 不过,虽然SCENIC转录因子分析越来越普通,但它的难度并不会降低,在试图学习这个分析方法之前,我们必须先看看SCENIC转录因子分析...
第一个亚群的SCENIC转录因子分析的经典三张图 每个亚群都有各自富集到的转录因子,包括:pigmentation, NCSC, “invasive,”“proliferative” and SMC states ,都可以根据SCENIC转录因子分析的结果来绘制经典三张图,数据集在GSE116237,总共也就是 865个细胞: 其它亚群的SCENIC转录因子分析的经典三张图 2020年10月NC的...
单细胞进阶分析主要是拟时序分析,细胞通讯分析,以及SCENIC转录因子分析。但实际上随着越来越多单细胞研究从CNS正刊跌落到CNS子刊,再到普通的数据挖掘文章,所谓的进阶分析也要沦落为标准分析啦。 不过,虽然SCENIC转录因子分析越来越普通,但它的难度并不会降低,在试图学习这个分析方法之前,我们必须先看看SCENIC转录因子分析...
单细胞进阶分析主要是拟时序分析,细胞通讯分析,以及SCENIC转录因子分析。但实际上随着越来越多单细胞研究从CNS正刊跌落到CNS子刊,再到普通的数据挖掘文章,所谓的进阶分析也要沦落为标准分析啦。 不过,虽然SCENIC转录因子分析越来越普通,但它的难度并不会降低,在试图学习这个分析方法之前,我们必须先看看SCENIC转录因子分析...